diff --git a/.gitignore b/.gitignore index f3cb28c19c328cf5631f9ed94455642813b5637a..59b1b76e379470c666c205e93e510227b3b61897 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1,5 +1,7 @@ SimpleImageViewer/ [Dd]ebug -[Rr]ebug +[Rr]elease *.exe -*.czi \ No newline at end of file +*.czi +B3D/ +czi_example_data/ \ No newline at end of file diff --git a/README.md b/README.md index 7868d4912de56530844689efaad988fbe81b00ff..74cc5ccca9962847014030197d86b44fbec7568a 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,7 +1,14 @@ -# irods_info +# Data comression project -Information about iRODS. +## CZI format +- Popsat formát CZI + - Co a jak je v tom formátu uloženo (jakýmy datovými typy atd.) + - Jak tam jsou vůbuc uložena obrazová data + - Je komprese součásti standardu, nebo dokumentace jen popisuje komprese, které mohou být použity? Jaké LZW? Jaký JPG? Co je to JPEG XR? + - Jak jsou uloženy nekompresované data? Celá číslá, realná číslá, enum? + - Jak jsou uložena kompresovaná data? + - Jak vytáhnout obrazová data z CZI souboru? + - Jaký je vztah mezi obrázky v CZI souboru? + - Dala by se použít nějaká komprese vzhledem k `referenčním` obrázkům? (vztah mezi obrazy, jak jsou posunuty atd.) +- Možná se podívat co je to ten HDF5, ale spíš se zaměřit na CZI formát. -- [ ] Read [technical overview](docs/technical-overview-2016-web.pdf) -- [ ] Read [beginner training](docs/irods_beginner_training_2018.pdf) ? -- [ ] Read online documentation. \ No newline at end of file diff --git a/docs/light_sheet_microscopy/B3D_compression.md b/docs/light_sheet_microscopy/B3D_compression.md index 561a101e8f6f91fa7a35bad53bcbb9f088c2c2d0..8a9d96933023ef3377610017d76f867f9c6f005b 100644 --- a/docs/light_sheet_microscopy/B3D_compression.md +++ b/docs/light_sheet_microscopy/B3D_compression.md @@ -15,6 +15,8 @@ - signed or unsigned 8 bit or 16 bit integers - HDF5 files - *Probably all image types, but image must be loaded by CUDA.* +- *New angle on lightsheet ...* paper citations: + - 3.32x average increase in compression ratio compared to lossless mode ### NOTE: Try compressing `czi` file with B3D.