diff --git a/document/citations.bib b/document/citations.bib
index 4a7c8da9c0ffbf30a1d23fc4caee91e964aea1c9..901d687e0fd3aba9633b5111ade226f2f264be2a 100644
--- a/document/citations.bib
+++ b/document/citations.bib
@@ -1,6 +1,6 @@
 @manual{czi_spec,
     organization  = "Carl Zeiss Microscopy GmbH",
-    title         = ZISRAW (CZI) File Format",
+    title         = "ZISRAW (CZI) File Format",
     year          =  2016,
     number        = "MC33879",
     note          = "Version 1.2.2",
@@ -18,3 +18,9 @@
 	eprint = {https://www.biorxiv.org/content/early/2017/07/21/164624.full.pdf},
 	journal = {bioRxiv}
 }
+
+@misc{omeweb,
+  title = {Open Microscopy Environment},
+  howpublished = {\url{https://www.openmicroscopy.org/}},
+  note = {Dne: 23.01.2019}
+}
\ No newline at end of file
diff --git a/document/document.pdf b/document/document.pdf
index fa40272e92744076009ca53aa05af392ef2cd18f..596f3f9119360b34ed233a448f34cbdf2c214a62 100644
Binary files a/document/document.pdf and b/document/document.pdf differ
diff --git a/document/document.tex b/document/document.tex
index 9bb5d94d2c3977f5dc7197758c438bbabd153ec3..900b016e35516469f4dad7af2661a3938028d7a0 100644
--- a/document/document.tex
+++ b/document/document.tex
@@ -12,83 +12,47 @@
 \usepackage{amssymb}
 \usepackage{graphicx}
 \usepackage{dirtytalk}
+\usepackage{siunitx}
+
 %\usepackage{titlesec}
 %\newcommand{\sectionbreak}{\clearpage}
 %\setlist{nosep}
 
-\newcommand{\image}[4]{\begin{figure}[h!] \centering \includegraphics[width=#1\linewidth]{figures/#2} \label{#3} \caption{#4} \end{figure}}
-\newcommand{\bThreed}{B$^3$D}
+\newcommand{\image}[4]{\begin{figure}[h!] \centering \includegraphics[width=#1\linewidth]{figures/#2} \caption{#4} \label{#3} \end{figure}}
+\newcommand{\bThreed}{B$^3$D }
 
 \author{Moravec Vojtěch}
 \title{Semestrální projekt}
 \date{2018/2019}
 
 \begin{document}
-% \maketitle
-% \newpage
+%\maketitle
+%\newpage
 
 \section{ZISRAW (CZI) formát}
 
-Vše co bude v této sekci uvedeno vychýzí z oficiální specifikace formátu CZI. \cite{czi_spec}.
-
-Formát CZI je určen pro uložení obrazků, samotné schéma uložení dat ale vychází z formátu ZISRAW, který je určen pro různé typy souborů. 
-Hlavním cílem formátu ZISRAW je umožnit streamování dat a metadat v binární podobě (metadata jsou buď binární nebo v XML). \textit{CZI formát je aktuálně jedinou implementací ZISRAW.}
-
-\subsection{CZI segmenty}
-
-CZI soubor se skládá z řetězce segmentů, každý segment je identifikován hlavičkou s identifikátorem (SID). Hlavička segmentu se skládá ze 3 polí:
-\begin{itemize}
-    \item \textbf{ID} - 16 B, unikátní ANSI kód s prefixem \say{ZISRAW}
-    \item \textbf{AllocatedSize} - 8 B, velikost rezervována pro data segmentu (velikost je vždy násobkem 32 B)
-    \item \textbf{UsedSize} - 8 B, poÄŤet bytĹŻ, kolik uĹľ je vyuĹľitu daty segmentu (jestliĹľe 0, pak celĂ˝ segment je vyuĹľit)
-\end{itemize}
-
-Za hlavičkou se nachází data daného segmentu. Tyto data se skládájí ze dvou částí, kde první část určuje velikost druhé části a to jaké data se v ni nacházejí. Hlavními typy dat jsou:
-\begin{itemize}
-    \item \textbf{Pixely} (\textit{ImageSubBlock}) - pixely obrázků a s nim přímo spjata metadata. RAW nekompresované obrázky mohou být vícedimenzionální 
-    \item \textbf{Metadata} - každý segment obsahuje jedny metadata. Ty obsahují XML řetězec, odpovídající danému schématu, a binární sekcí s dalšími daty ve formátu ZIP
-    \item \textbf{Přílohy} (\textit{Attachment}) - různé typy příloh
-\end{itemize}
-
-\subsection{ZISRAW kontejner}
-Pořadí bytů je little-endian. Data jsou uložena v segmentech s definovanými schématy, každý segment obsahuje binární data nebo XML řetězec. 
-Je povoleno uloĹľenĂ­ do jednoho nebo vĂ­ce souborĹŻ, ale vĹľdy existuje jeden hlavnĂ­, \emph{master} soubor. KaĹľdĂ˝ ZISRAW soubor obsahuje tyto typy segmentĹŻ:
-\begin{itemize}
-    \item \textbf{FileHeader}
-    \item \textbf{Metadata} - nevyžadováno
-    \item \textbf{SubBlockDirectory} - adresář všech SubBlock. Je vyžadován pokud existuje nějaký SubBlock
-    \item \textbf{SubBlock} - každý SubBlock ve svém segmentu, může obsahovat XML metadata a binární data
-    \item \textbf{AttachmentDirectory} - adresář všech Attachment, je vyžadován pokud existuje nějaký Attachment
-    \item \textbf{Attachment} - každý Attachment ve svém segmentu. Příloha je identifikována svým názvem
-\end{itemize}
-
-SubBlockDirectory a AttachmentDirectory obsahují informace potřebné pro přečtení pouze potřebného segmentu, dovolují přeskočit načítání segmentů, 
-které nejsou potřeba.
-
-% \subsection{Schémata segmentů}
-% V této sekci uvedeme základní informace o schématech segmentů. Jak již bylo zmíněno, každý segment začíná hlavičkou se 3 poli, Id, AllocatedSize a UsedSize. 
-% Pole Id nabýva hodnoty z této enumerace SID:
-% \begin{itemize}
-%     \item \textbf{ZISRAWFILE} - hlavička souboru, nachází se na začátku souboru
-%     \item \textbf{ZISRAWDIRECTORY} - adresář segmentů
-%     \item \textbf{ZISRAWSUBBLOCK} - obsahuje data obrázků
-%     \item \textbf{ZISRAWMETADATA} - obsahuje metadata
-%     \item \textbf{ZISRAWATTACH} - přílohy
-%     \item \textbf{ZISRAWATTDIR} - adresář příloh
-%     \item \textbf{DELETED} - smazaný segment, měl by být ignorován
-% \end{itemize}
-
-\subsection{Obrazové data}
-Data obrázků se nacházejí v \textbf{SubBlock} segmentech, tento segment obsahuje všechny informace o tom jak jsou data uložena a jak je interpretovat. 
-
-V CZI formátu jsou brány v potaz různé dimenze obrázku v \\multi-dimenzionálním hyperprostoru. Jsou jimi napříklád:
-pozice ve směru X, pozice ve směru Y, čas zachycení, úhel zachycení, osvětlení při zachycení atd. Pixely mohou být uloženy v těchto typech:
+Vše co bude v této sekci uvedeno vychází z oficiální specifikace formátu CZI \cite{czi_spec}, společnosti Carl Zeiss ZEN software. 
+
+Formát CZI je určen pro ukládání obrazů a metadat, které popisují jak samotný obraz tak i způsob získání obrazů, například v jakých podmínkách byl snímek získán. 
+CZI vychází z obecnějšího formátu ZISRAW, jehož hlavním cílem je umožnit streamování velkých dat a metadat v binární podobě. Metadata jsou ukládány ve formátu XML
+s kódováním UTF-8. Metadata v souberech CZI vycházejí ze specifikace OME (Open Microscopy Environment) \cite{omeweb}.
+
+Struktůra ZISRAW/CZI formátu byla navržena tak, aby dovolovala streamování velkého množství dat, proto se ZISRAW/CZI soubory skládají ze segmentů.
+Každý segment je identifikován svou hlavičkou, která obsahuje informace o jaký segment se jedná a jaká je jeho velikost. Za hlavičkou následuje část s daty. 
+V souboru nalezneme speciální segmenty, které fungují jako adresáře pro segmenty s obrazy a přílohami. 
+Tyto adresáře odkazují na pozice v souboru, kde se nachází požadované segmenty, což umožňuje načítání pouze těch částí, které jsou potřeba.
+
+Obrazy se nacházejí v segmentech, označené jako \mbox{ZISRAWSUBBLOCK}. Kromě samotných pixelů zde najdeme i metadata, specifické pro daný obraz.
+Specifickými metadaty mohou být např. minimální a maximální hodnoty pixelů, počet bitů na pixel a seznam dvojic klíč/hodnota, udávající libovolnou informaci o obrazu (datum pořízení, pozice mikroskopu v \SI{}{\micro\metre}).
+
+
+Formát CZI dovoluje různé typy pixelu, jak pro barevné tak i černobílé obrazy, seznam všech podporovaných typů najdeme v Tabulce \ref{tab:pixelTypes}.
 
 \begin{figure}[h!]
     \centering
     \begin{tabular}{| l | c | l |}
         \hline
-        Typ                 & Byte/Pixel    & Poznámka \\\hline
+        Typ                 & Byte/Pixel    &  Poznámka \\\hline
         Gray8               &     1         &  8 bit unsigned            \\\hline
         Gray16              &     2         &  16 bit unsigned   \\\hline
         Gray32Float         &     4         &  32 bit IEEE float   \\\hline
@@ -101,36 +65,69 @@ pozice ve směru X, pozice ve směru Y, čas zachycení, úhel zachycení, osvě
         Gray32              &     4         &  32 bit signed \textit{planovanĂ˝} \\\hline
         Gray64              &     8         &  64 bit float \textit{planovanĂ˝} \\\hline
     \end{tabular}
+    \caption{Tabulka podporovaných typů pixelu v CZI}
+    \label{tab:pixelTypes}
 \end{figure}
 
-Data pixelů v CZI souboru mohou být jak nekomprimovaná tak komprimovaná. 
-Nekomprimovaná data jsou streamem pixelů podle jejich typu. Specifikace povoluje komprimaci dat pixelů pomocí LZW, 
-JPEG a Jpeg-Xr.
-LZW je bezztrátová komprese, aktuálně se nepoužívá ve \say{widefield} mikroskopii. JPEG komprese je ztrátová a 
-může být použita pouze pro 2D obrazy. 
-Jpeg-XR podporuje jak ztrátovou tak i bezztrátovou kompresi. Vychází z JPEG a nabízí menší velikost pro stejnou kvalitu obrazu, ale stejně jako JPEG, je omezen na 2D obrazy.
+Informaci o typu pixelu nalezneme v metadatech, které jsou společné pro všechny obrazy nacházející se v CZI souboru. 
+Mimo typ pixelu, nalezneme v těchto společných vlastnostech další zajímavé informace, některé jsou uvedeny v Tabulce \ref{tab:imageMetadata}, 
+nutno podotknout, Ĺľe soubor nemusĂ­ tyto informace obsahovat.
 
+\begin{figure}[h!]
+    \centering
+    \begin{tabular}{| l | l |}
+        \hline
+        Klíč                & Význam \\\hline
+        SizeX               & Šířka obrázku \\\hline
+        SizeY               & Výška obrázku \\\hline
+        SizeC               & Počet kanálů \\\hline
+        SizeZ               & Počet řezů ve směru Z \\\hline
+        SizeT               & Počet časových bodů \\\hline
+        SizeH               & Počet fází \\\hline
+        SizeR               & Počet různých úhlu, ze kterých byl obraz získán \\\hline
+        SizeS               & Počet různých scén \\\hline
+        SizeI               & Počet různých nasvícení \\\hline
+        SizeM               & PoÄŤet dĂ­lĹŻ mozaiky \\\hline
+        SizeB               & Počet snímání jednoho obrazu \\\hline
+        SizeV               & Počet různých pohledů \\\hline
+        PixelType           & Typ pixelu \\\hline
+        Dimensions          & Dodatečné informace k dimenzím \\\hline
+    \end{tabular}
+    \caption{Základní informace o obrazech v souboru CZI}
+    \label{tab:imageMetadata}
+\end{figure}
+
+Šířka, výška obrázku, počet kanálů, řezů, fází atd. to vše jsou \say{dimenze} obrázku, pro které mohou být uvedeny dodatečné informace. Taktéž, kanály se mohou lišit
+typem pixelu, počtem bitů na komponentu, metodou získaní atd., proto i pro ně najdeme specifická metadata.
+
+Data pixelu mohou být v CZI souborech jak komprimovaná tak nekomprimovaná. Specifikací jsou povolené komprese
+LZW, JPEG a JPEG-XR. Všechny tyto komprese jsou specifikací omezeny na 2D obrazy. LZW je bezztrátová komprese a momentálně se nepoužívá pro
+širokopásmovou mikroskopii. JPEG je ztrátová komprese a JPEG-XR je modernější variantou JPEG, která nabízí lepší kompresní poměry a také bezztrátovou kompresi.
+
+\newpage
 \section{KompresnĂ­ knihovna \bThreed}
-\bThreed je Open Source knihovna, řešící problém komprese obrazů z mikroskopu. Je napsána v jazyce C++ a využívá CUDA  architektury. 
-Slibovaná rychlost komprese je více než 1 GB/s \cite{Balazs164624}. Tato knihovna nabízí jak ztrátovou tak i bezztrátovou kompres, kde ztrátová zohledňuje fakt,
-že se jedná o obrazy z mikroskopu a uživatel si může zvolit maximální chybu, kterou bude tolerovat. Definuji takzvaný WNL (\emph{within noise level}) mód 
-ztrátové komprese, kde kvantizační krok je roven šumu v obraze. V tomto módu je chyba vzniklá ztrátovou kompresí mnohem menší, než šum nacházející se v obraze.
+Tato sekce vychází z \cite{Balazs164624}, taktéž grafy jsou přebrány z této práce.
+\bThreed  je Open Source knihovna, řešící problém komprese obrazů z mikroskopu. Je napsána v jazyce C++ a využívá CUDA architekturu. 
+Slibovaná rychlost komprese je více než 1 GB/s. Tato knihovna nabízí jak ztrátovou tak i bezztrátovou kompresi, kde ztrátová zohledňuje fakt,
+že se jedná o obrazy z mikroskopu a uživatel si může zvolit maximální chybu, kterou bude tolerovat.
+Autoři knihovny definuji tzv. WNL (\emph{within noise level}) mód ztrátové komprese, kde kvantizační krok je roven šumu v obraze. 
+V tomto módu je chyba, vzniklá ztrátovou kompresí, mnohem menší než šum nacházející se v obraze.
 Kompresní poměry bezztrátové a WNL komprese můžeme vídět na Obrázku \ref{img:compressionComp}.
 
 \image{0.65}{compressionComparsionBars.pdf}{img:compressionComp}{Porovnání kompresních poměrů různých vzorků}
 
-Vliv ztrátové komprese na obraz byl testován na datasetu ebrya octomilky obecné, metodou segmentačního překrývání. Testovalo se vzhledem k originálnímu
-obrazu, a hodnota 1 znamená, že se obrazy dokonale překrývají. Na Obrázku \ref{img:segoverlap}, můžeme, že překryv klesá až při velkých komrpesních poměrech. 
-Překryv pro WNL je téměř dokonalý 0,996.
+Vliv ztrátové komprese na obraz byl testován na datasetu embrya octomilky obecné, metodou segmentačního překrývání. Byl testován komprimovaný obraz s originálním
+obrazem, a hodnota 1 znamená, že se obrazy dokonale překrývají. V grafu na Obrázku \ref{img:segoverlap}, můžeme vidět, že překryv klesá až při velkých 
+kompresních poměrech. Překryv pro WNL mód je téměř dokonalý 0,996.
 
 \image{0.65}{noise_overlap.pdf}{img:segoverlap}{Vliv ztrátové komprese na kvalitu obrazu}
 
-Použitý bezztrátový algoritmus se skládá ze dvou částí. V první části se provede predikce hodnoty pixelu vzhledem k hodnotám jeho sousedů a v 
-druhé části jsou chyby predikce zakódovány pomocí RLE a Huffmana. Bezztrátová komprese dosáhla kompresního poměru 2,7 a pokud je použita WNL komprese
-dostáváme se až na kompresní poměr 5, a chyba lokalizace jediné molekuly v obrazu vstoupla pouze o 4\%. (Bylo testováno na datasetu získaném pomocí
-Single-Molecule Localization Microscopy, rozlišení 2-25 nm).
+Použitý bezztrátový algoritmus se skládá ze dvou částí. V první části se provede predikce hodnoty pixelu vzhledem k hodnotám jeho sousedních pixelů a v 
+druhé části jsou chyby predikce zakódovány pomocí RLE a Huffmana. 
+
+Bezztrátová komprese dosáhla kompresního poměru 2,7 kdežto ztrátová WNL komprese dosahuje kompresního poměru 5. Chyba lokalizace jediné molekuly v obrazu vstoupla pouze o 4\%. (Bylo testováno na datasetu získaném pomocí Single-Molecule Localization Microscopy, rozlišení 2-25 nm).
 
-% \bibliography{citations}
-% \bibliographystyle{ieeetr}
+\bibliography{citations}
+\bibliographystyle{ieeetr}
 
 \end{document}
\ No newline at end of file