From dc9eda33d5a3ed3ab828b12e6c2511402ec14d6a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: theazgra <theazgra@gmail.com>
Date: Fri, 22 Feb 2019 12:14:02 +0100
Subject: [PATCH] Benchmark code for compressions. And first results.
---
czi-format/Links to Download.txt | 1 -
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.../16bit_z_stack_continuous.csv | 28 +
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.../8bit_z_stack_continuous.csv | 28 +
.../benchmark_results/axiozoom_artemia.csv | 1054 +++++++
.../axiozoom_artemia_continuous.csv | 28 +
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czi-format/czi-parser/binary_converter.h | 20 +-
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.../czi-parser/czi_parts/segment_header.h | 3 +
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.../czi-parser/image/pixel_parse_functions.h | 22 +-
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.../czi-parser/stream/binary_file_stream.h | 8 +-
.../czi-parser/stream/binary_stream_base.cpp | 2 +-
.../czi-parser/stream/binary_stream_base.h | 4 +-
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.../stream/buffered_binary_stream.h | 8 +-
.../czi-parser/utilities/vector_utilities.h | 4 +-
czi-format/czi-parser/utilities/xml_parser.h | 2 +-
36 files changed, 6004 insertions(+), 149 deletions(-)
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create mode 100644 czi-format/benchmark_results/16bit_z_stack_continuous.csv
create mode 100644 czi-format/benchmark_results/8bit_z_stack.csv
create mode 100644 czi-format/benchmark_results/8bit_z_stack_continuous.csv
create mode 100644 czi-format/benchmark_results/axiozoom_artemia.csv
create mode 100644 czi-format/benchmark_results/axiozoom_artemia_continuous.csv
create mode 100644 czi-format/czi-parser/cont_test.csv
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index 51d5cfb..0b8f4e3 100644
--- a/czi-format/Links to Download.txt
+++ b/czi-format/Links to Download.txt
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http://czisamples.blob.core.windows.net/czi-samples/ApoTome/40x14_GMMe_AT-4ch-Z_Dapi-Vimentin488_Phalloidine568-Lamin647-sect.czi
-http://czisamples.blob.core.windows.net/czi-samples/ApoTome/Kidney-FS44_FS45_ApoTome_2ch_Tiles_sect
http://czisamples.blob.core.windows.net/czi-samples/ApoTome/Kidney-FS44_FS45_ApoTome_2ch_raw_Tiles.czi
http://czisamples.blob.core.windows.net/czi-samples/ApoTome/Kidney-FS44_FS45_ApoTome_2ch_sect_Tiles-stitched.czi
http://czisamples.blob.core.windows.net/czi-samples/CellObserver SD/LLC-PK1_TubX-emerald_H2B-mCherry-2chZ(SD).czi
diff --git a/czi-format/benchmark_results/16bit_z_stack.csv b/czi-format/benchmark_results/16bit_z_stack.csv
new file mode 100644
index 0000000..e8abd6e
--- /dev/null
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always_assert(bytes.size() >= 4);
always_assert(fromIndex <= bytes.size() - 4);
@@ -40,7 +40,7 @@ int bytes_to_int(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
}
}
-int bytes_to_long(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
+int bytes_to_long(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex)
{
always_assert(bytes.size() >= 8);
always_assert(fromIndex <= bytes.size() - 8);
@@ -59,7 +59,7 @@ int bytes_to_long(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
}
}
-float bytes_to_float(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
+float bytes_to_float(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex)
{
always_assert(bytes.size() >= 4);
always_assert(fromIndex <= bytes.size() - 4);
@@ -69,7 +69,7 @@ float bytes_to_float(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
return result;
}
-double bytes_to_double(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
+double bytes_to_double(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex)
{
always_assert(bytes.size() >= 8);
always_assert(fromIndex <= bytes.size() - 8);
@@ -79,32 +79,32 @@ double bytes_to_double(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
return result;
}
-ushort bytes_to_ushort(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
+ushort bytes_to_ushort(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex)
{
return ((ushort)bytes_to_short(bytes, fromIndex));
}
-uint bytes_to_uint(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
+uint bytes_to_uint(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex)
{
return ((uint)bytes_to_int(bytes, fromIndex));
}
-ulong bytes_to_ulong(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex)
+ulong bytes_to_ulong(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex)
{
return ((ulong)bytes_to_long(bytes, fromIndex));
}
-std::string utf8bytes_to_string(const std::vector<byte> &bytes)
+std::string utf8bytes_to_string(const ByteArray &bytes)
{
return utf8bytes_to_string(bytes, 0, bytes.size());
}
-std::string utf8bytes_to_string(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex, const uint byteCount)
+std::string utf8bytes_to_string(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex, const uint byteCount)
{
if (bytes.size() == 0)
return "";
auto fromIt = bytes.begin() + fromIndex;
- std::vector<byte> stringBytes(fromIt, fromIt + byteCount);
+ ByteArray stringBytes(fromIt, fromIt + byteCount);
std::string result = boost::locale::conv::from_utf<char>((char *)stringBytes.data(), "UTF-8");
return result;
}
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/binary_converter.h b/czi-format/czi-parser/binary_converter.h
index 2ed711d..91bbb97 100644
--- a/czi-format/czi-parser/binary_converter.h
+++ b/czi-format/czi-parser/binary_converter.h
@@ -16,25 +16,25 @@
#include <boost/locale.hpp>
// Convert two bytes, from specified index, to short.
-short bytes_to_short(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+short bytes_to_short(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert four bytes, from specified index, to int.
-int bytes_to_int(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+int bytes_to_int(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert eight bytes, from specified index, to long.
-int bytes_to_long(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+int bytes_to_long(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert 4 bytes, from specified index, to float.
-float bytes_to_float(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+float bytes_to_float(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert 8 bytes, from specified index, to double.
-double bytes_to_double(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+double bytes_to_double(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert two bytes, from specified index, to ushort.
-ushort bytes_to_ushort(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+ushort bytes_to_ushort(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert four bytes, from specified index, to uint.
-uint bytes_to_uint(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+uint bytes_to_uint(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert eight bytes, from specified index, to ulong.
-ulong bytes_to_ulong(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex = 0);
+ulong bytes_to_ulong(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex = 0);
// Convert UTF-8 bytes to string.
-std::string utf8bytes_to_string(const std::vector<byte> &bytes);
+std::string utf8bytes_to_string(const ByteArray &bytes);
// Convert number of UTF-8 bytes, from specified index, to string.
-std::string utf8bytes_to_string(const std::vector<byte> &bytes, const ulong fromIndex, const uint byteCount);
+std::string utf8bytes_to_string(const ByteArray &bytes, const ulong fromIndex, const uint byteCount);
//char get_hex_value(int x);
diff --git a/czi-format/czi-parser/compression/benchmark.h b/czi-format/czi-parser/compression/benchmark.h
index 6c88d38..0b952f7 100644
--- a/czi-format/czi-parser/compression/benchmark.h
+++ b/czi-format/czi-parser/compression/benchmark.h
@@ -16,11 +16,38 @@ struct BenchmarkRecord
size_t originalSize;
size_t compressedSize;
size_t zOrderCompressedSize;
- float compressionRation;
- float zOrderCompressionRation;
- size_t compressionTime;
- size_t zOrderCompressionTime;
+ float compressionRatio;
+ float zOrderCompressionRatio;
+ double compressionTime;
+ double zOrderCompressionTime;
//filename;subblockId;pixelType;width;height;compression_method;compression_level;original_size;compressed_size;z_order_compressed_size;compression_ration;z_order_compression_ration;compression_time;z_order_compression_time
+
+ BenchmarkRecord() {}
+ BenchmarkRecord(const CompressionResult &dataResult, const CompressionResult &dataZOrderResult)
+ {
+ always_assert(dataResult.originalSize == dataZOrderResult.originalSize);
+ originalSize = dataResult.originalSize;
+
+ compressedSize = dataResult.compressedSize;
+ zOrderCompressedSize = dataZOrderResult.compressedSize;
+
+ compressionRatio = dataResult.compressionRatio;
+ zOrderCompressionRatio = dataZOrderResult.compressionRatio;
+
+ compressionTime = dataResult.compressionTimeMS;
+ zOrderCompressionTime = dataZOrderResult.compressionTimeMS;
+ }
+
+ void set_metadata(const char *fName, size_t subBlockId, const char *pixelType, size_t width, size_t height, const char *cMethod, int cLevel)
+ {
+ this->fileName = fName;
+ this->subblockId = subBlockId;
+ this->pixelType = pixelType;
+ this->width = width;
+ this->height = height;
+ this->compressionMethod = cMethod;
+ this->compressionLevel = cLevel;
+ }
};
void write_report(const std::vector<BenchmarkRecord> &results, const std::string &reportFile)
@@ -30,29 +57,210 @@ void write_report(const std::vector<BenchmarkRecord> &results, const std::string
csvFile << std::fixed << std::setprecision(5);
// CSV header.
- csvFile << "filename;subblockId;pixelType;width;height;compression_method;compression_level;original_size;compressed_size;z_order_compressed_size;compression_ration;z_order_compression_ration;compression_time;z_order_compression_time" << std::endl;
+ csvFile << "filename;subblock;pixel;width;height;compression;level;originalSize;compressedSize;compressedZ;compressionRatio;compressionRatioZ;compressionTime;compressionTimeZ" << std::endl;
const char sep = ';';
for (const BenchmarkRecord &record : results)
{
csvFile << record.fileName << sep << record.subblockId << sep << record.pixelType << sep << record.width << sep << record.height << sep << record.compressionMethod
<< sep << record.compressionLevel << sep << record.originalSize << sep << record.compressedSize << sep << record.zOrderCompressedSize
- << sep << record.compressionRation << sep << record.zOrderCompressionRation << sep << record.compressionTime
+ << sep << record.compressionRatio << sep << record.zOrderCompressionRatio << sep << record.compressionTime
<< sep << record.zOrderCompressionTime << std::endl;
}
}
-void benchmark_compression(const std::string &sampleFolder, const std::string &reportFile, bool verbose)
+static void benchmark_continuos_compression(CziFile &cziFile, const std::string &reportFile, bool verbose, int level = -1)
{
- always_assert(fs_wrapper::is_directory(sampleFolder) && "sampleFolder is not directory!");
- auto cziFiles = fs_wrapper::get_files_in_directory(sampleFolder, true);
- printf("Found files:\n");
- for (auto &&f : cziFiles)
+ always_assert(cziFile.subBlockDirectory.entries.size() > 0);
+ std::vector<BenchmarkRecord> benchmarkResults;
+ const int minCompressionLevel = 1;
+ const int maxCompressionLevel = 9;
+ std::string fName = fs_wrapper::get_filename(cziFile.fileName);
+
+ int fromCL = (level == -1) ? minCompressionLevel : minCompressionLevel; // level;
+ int toCL = (level == -1) ? maxCompressionLevel : maxCompressionLevel; // level;
+ std::vector<BenchmarkRecord> results;
+ results.resize((toCL - fromCL + 1) * 3);
+
+ auto entry = cziFile.subBlockDirectory.entries[0];
+
+ // Normal order data.
{
- printf("\t%s\n", f.path.c_str());
+
+ ByteArray data = cziFile.get_continuous_image_data(false);
+ int levelDone = 0;
+#pragma omp parallel for
+ for (int compressionLevel = fromCL; compressionLevel <= toCL; compressionLevel++)
+ {
+ // CompressionMethod_GZIP
+ CompressionResult gzipResult = test_compression_method(data, CompressionMethod_GZIP, compressionLevel);
+ BenchmarkRecord gzipRecord = {};
+ gzipRecord.originalSize = gzipResult.originalSize;
+ gzipRecord.compressedSize = gzipResult.compressedSize;
+ gzipRecord.compressionRatio = gzipResult.compressionRatio;
+ gzipRecord.compressionTime = gzipResult.compressionTimeMS;
+ gzipRecord.compressionLevel = compressionLevel;
+ gzipRecord.compressionMethod = GZIP_NAME;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3)] = gzipRecord;
+
+ // CompressionMethod_LZMA
+ CompressionResult lzmaResult = test_compression_method(data, CompressionMethod_LZMA, compressionLevel);
+ BenchmarkRecord lzmaRecord = {};
+ lzmaRecord.originalSize = lzmaResult.originalSize;
+ lzmaRecord.compressedSize = lzmaResult.compressedSize;
+ lzmaRecord.compressionRatio = lzmaResult.compressionRatio;
+ lzmaRecord.compressionTime = lzmaResult.compressionTimeMS;
+ lzmaRecord.compressionLevel = compressionLevel;
+ lzmaRecord.compressionMethod = LZMA2_NAME;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 1] = lzmaRecord;
+
+ // CompressionMethod_BZIP2
+ CompressionResult bzip2Result = test_compression_method(data, CompressionMethod_BZIP2, compressionLevel);
+ BenchmarkRecord bzip2Record = {};
+ bzip2Record.originalSize = bzip2Result.originalSize;
+ bzip2Record.compressedSize = bzip2Result.compressedSize;
+ bzip2Record.compressionRatio = bzip2Result.compressionRatio;
+ bzip2Record.compressionTime = bzip2Result.compressionTimeMS;
+ bzip2Record.compressionLevel = compressionLevel;
+ bzip2Record.compressionMethod = BZIP2_NAME;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 2] = bzip2Record;
+
+ if (verbose)
+ {
+#pragma omp critical
+ {
+
+ printf("\rFinished compression level %i/%i of normal order.", ++levelDone, toCL);
+ fflush(stdout);
+ }
+ }
+ }
+ if (verbose)
+ printf("\n");
}
- std::vector<BenchmarkRecord> results;
+ // Z order data.
+ {
+ ByteArray zOrderedData = cziFile.get_continuous_image_data(true);
+ int levelDone = 0;
+#pragma omp parallel for
+ for (int compressionLevel = fromCL; compressionLevel <= toCL; compressionLevel++)
+ {
+ // CompressionMethod_GZIP
+ CompressionResult gzipZResult = test_compression_method(zOrderedData, CompressionMethod_GZIP, compressionLevel);
+ results[((compressionLevel - 1) * 3)].zOrderCompressedSize = gzipZResult.compressedSize;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3)].zOrderCompressionRatio = gzipZResult.compressionRatio;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3)].zOrderCompressionTime = gzipZResult.compressionTimeMS;
+
+ // CompressionMethod_LZMA
+ CompressionResult lzmaZResult = test_compression_method(zOrderedData, CompressionMethod_LZMA, compressionLevel);
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 1].zOrderCompressedSize = lzmaZResult.compressedSize;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 1].zOrderCompressionRatio = lzmaZResult.compressionRatio;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 1].zOrderCompressionTime = lzmaZResult.compressionTimeMS;
+
+ // CompressionMethod_BZIP2
+ CompressionResult bzip2ZResult = test_compression_method(zOrderedData, CompressionMethod_BZIP2, compressionLevel);
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 2].zOrderCompressedSize = bzip2ZResult.compressedSize;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 2].zOrderCompressionRatio = bzip2ZResult.compressionRatio;
+ results[((compressionLevel - 1) * 3) + 2].zOrderCompressionTime = bzip2ZResult.compressionTimeMS;
+
+ if (verbose)
+ {
+#pragma omp critical
+ {
+ printf("\rFinished compression level %i/%i of Z order.", ++levelDone, toCL);
+ fflush(stdout);
+ }
+ }
+ }
+ if (verbose)
+ printf("\n");
+ }
+
+ for (size_t i = 0; i < results.size(); i++)
+ {
+ results[i].fileName = fName.c_str();
+ results[i].subblockId = 999;
+ results[i].pixelType = cziFile.pixel_type_str(entry.pixelType);
+ results[i].width = 0;
+ results[i].height = 0;
+ }
+ if (verbose)
+ printf("\nWriting report file...\n");
write_report(results, reportFile);
+
+ printf("\nFinished benchmark, results are written in: %s\n", reportFile.c_str());
+}
+
+void benchmark_compression(CziFile &cziFile, const std::string &reportFile, bool verbose, int level = -1)
+{
+ std::vector<BenchmarkRecord> benchmarkResults;
+ const int minCompressionLevel = 1;
+ const int maxCompressionLevel = 9;
+ std::string fName = fs_wrapper::get_filename(cziFile.fileName);
+
+ int sbCount = (int)cziFile.subBlockDirectory.entries.size();
+ for (size_t subblockId = 0; subblockId < cziFile.subBlockDirectory.entries.size(); subblockId++)
+ {
+
+ DirectoryEntryDV subblock = cziFile.subBlockDirectory.entries[subblockId];
+
+ const char *pt = cziFile.pixel_type_str(subblock.pixelType);
+
+ ByteArray data = cziFile.get_image_data(subblockId, false);
+ ByteArray dataInZOrder = cziFile.get_image_data(subblockId, true);
+
+ if (verbose)
+ {
+ printf("\rProcessing Subblock %i/%i", (int)subblockId + 1, sbCount);
+ fflush(stdout);
+ }
+ int fromCL = (level == -1) ? minCompressionLevel : level;
+ int toCL = (level == -1) ? maxCompressionLevel : level;
+#pragma omp parallel for
+ for (int compressionLevel = fromCL; compressionLevel <= toCL; compressionLevel++)
+ {
+
+ // CompressionMethod_GZIP
+ {
+ CompressionResult gzipResult = test_compression_method(data, CompressionMethod_GZIP, compressionLevel);
+ CompressionResult gzipZOrderedResult = test_compression_method(dataInZOrder, CompressionMethod_GZIP, compressionLevel);
+
+ BenchmarkRecord gzipRecord = BenchmarkRecord(gzipResult, gzipZOrderedResult);
+ gzipRecord.set_metadata(fName.c_str(), subblockId, pt, subblock.width, subblock.height, "GZIP", compressionLevel);
+
+ benchmarkResults.push_back(gzipRecord);
+ }
+
+ // CompressionMethod_LZMA
+ {
+
+ CompressionResult lzmaResult = test_compression_method(data, CompressionMethod_LZMA, compressionLevel);
+ CompressionResult lzmaZOrderedResult = test_compression_method(dataInZOrder, CompressionMethod_LZMA, compressionLevel);
+
+ BenchmarkRecord lzmaRecord = BenchmarkRecord(lzmaResult, lzmaZOrderedResult);
+ lzmaRecord.set_metadata(fName.c_str(), subblockId, pt, subblock.width, subblock.height, "LZMA2", compressionLevel);
+
+ benchmarkResults.push_back(lzmaRecord);
+ }
+
+ // CompressionMethod_BZIP2
+ {
+ CompressionResult bzip2Result = test_compression_method(data, CompressionMethod_BZIP2, compressionLevel);
+ CompressionResult bzip2ZOrderedResult = test_compression_method(dataInZOrder, CompressionMethod_BZIP2, compressionLevel);
+
+ BenchmarkRecord bzip2Record = BenchmarkRecord(bzip2Result, bzip2ZOrderedResult);
+ bzip2Record.set_metadata(fName.c_str(), subblockId, pt, subblock.width, subblock.height, "BZIP2", compressionLevel);
+
+ benchmarkResults.push_back(bzip2Record);
+ }
+ }
+ }
+
+ if (verbose)
+ printf("\nWriting report file...\n");
+ write_report(benchmarkResults, reportFile);
+
+ printf("\nFinished benchmark, results are written in: %s\n", reportFile.c_str());
}
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/compression/compressors.h b/czi-format/czi-parser/compression/compressors.h
index 3697557..ff91671 100644
--- a/czi-format/czi-parser/compression/compressors.h
+++ b/czi-format/czi-parser/compression/compressors.h
@@ -32,6 +32,7 @@ struct CompressionResult
size_t compressedSize;
float compressionRatio;
float percentageOfOriginalSize;
+ double compressionTimeMS;
CompressionResult()
{
@@ -39,6 +40,7 @@ struct CompressionResult
compressedSize = 0;
compressionRatio = 0.0f;
percentageOfOriginalSize = 0.0f;
+ compressionTimeMS = 0;
}
void divide(float x)
@@ -59,7 +61,7 @@ inline float compression_ratio(float uncompressedSize, float compressedSize)
return (uncompressedSize / compressedSize);
}
-ByteArray gzip_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stopwatch &stopwatch)
+ByteArray gzip_encode(const ByteArray &data, int compressionLevel, CompressionResult &info)
{
always_assert((compressionLevel >= 0 && compressionLevel <= 9) && "ZLIB's compress2 takes compression level from 1 to 9 inclusice!");
@@ -68,9 +70,11 @@ ByteArray gzip_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stopw
// Maybe try reserve or normal array.
compressedBuffer.resize(compressedSize);
- stopwatch.start_new_lap();
+ Stopwatch s;
+ s.start();
int compressionResult = library_zlib::compress2(compressedBuffer.data(), &compressedSize, data.data(), data.size(), compressionLevel);
- stopwatch.end_lap();
+ s.stop();
+ info.compressionTimeMS = s.elapsed_milliseconds();
switch (compressionResult)
{
@@ -94,7 +98,7 @@ ByteArray gzip_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stopw
return actualCompressedData;
}
-ByteArray lzma_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stopwatch &stopwatch)
+ByteArray lzma_encode(const ByteArray &data, int compressionLevel, CompressionResult &info)
{
always_assert((compressionLevel >= 0 && compressionLevel <= 9) && "LZMA's lzma_easy_buffer_encode takes compression level from 1 to 9 inclusice!");
@@ -103,12 +107,14 @@ ByteArray lzma_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stopw
buffer.resize(maximumSize);
size_t finalSize = 0;
- stopwatch.start_new_lap();
+ Stopwatch s;
+ s.start();
auto compressionResult = library_lzma::lzma_easy_buffer_encode(compressionLevel, library_lzma::LZMA_CHECK_NONE,
nullptr, data.data(), data.size(),
buffer.data(), &finalSize, maximumSize);
- stopwatch.end_lap();
+ s.stop();
+ info.compressionTimeMS = s.elapsed_milliseconds();
switch (compressionResult)
{
@@ -143,7 +149,7 @@ ByteArray lzma_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stopw
return result;
}
-ByteArray bzip2_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stopwatch &stopwatch)
+ByteArray bzip2_encode(const ByteArray &data, int compressionLevel, CompressionResult &info)
{
always_assert((compressionLevel >= 0 && compressionLevel <= 9) && "BZ2's BZ2_bzBuffToBuffCompress takes compression level from 1 to 9 inclusice!");
@@ -164,11 +170,13 @@ ByteArray bzip2_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stop
// Default as stated in documentation.
const int workFactor = 30;
- stopwatch.start_new_lap();
+ Stopwatch s;
+ s.start();
int compressionResult = library_bzip2::BZ2_bzBuffToBuffCompress((char *)buffer.data(), (uint *)(&compressedSize),
(char *)input.data(), (uint)data.size(),
compressionLevel, 0, workFactor);
- stopwatch.end_lap();
+ s.stop();
+ info.compressionTimeMS = s.elapsed_milliseconds();
switch (compressionResult)
{
@@ -195,9 +203,9 @@ ByteArray bzip2_encode(const std::vector<byte> &data, int compressionLevel, Stop
#if 0
// Run-Length encode bytes and return compressed bytes.
-std::vector<byte> rle_encode(const std::vector<byte> &bytes)
+ByteArray rle_encode(const ByteArray &bytes)
{
- std::vector<byte> compressed;
+ ByteArray compressed;
byte literalBuffer[MAX_LITERAL_COUNT];
size_t literalCount = 0;
size_t runCount = 0;
@@ -253,9 +261,9 @@ std::vector<byte> rle_encode(const std::vector<byte> &bytes)
}
// Decode Run-Length encoded bytes.
-std::vector<byte> rle_decode(const std::vector<byte> &compressed)
+ByteArray rle_decode(const ByteArray &compressed)
{
- std::vector<byte> uncompressed;
+ ByteArray uncompressed;
uncompressed.reserve(compressed.size());
size_t compressedBufferSize = compressed.size();
@@ -281,9 +289,9 @@ std::vector<byte> rle_decode(const std::vector<byte> &compressed)
return uncompressed;
}
-std::vector<byte> lz_encode(const std::vector<byte> &bytes)
+ByteArray lz_encode(const ByteArray &bytes)
{
- std::vector<byte> compressed;
+ ByteArray compressed;
byte literalBuffer[MAX_LITERAL_COUNT];
size_t literalCount = 0;
@@ -374,9 +382,9 @@ std::vector<byte> lz_encode(const std::vector<byte> &bytes)
return compressed;
}
-std::vector<byte> lz_decode(std::vector<byte> &compressed)
+ByteArray lz_decode(ByteArray &compressed)
{
- std::vector<byte> uncompressed;
+ ByteArray uncompressed;
uncompressed.reserve(compressed.size());
size_t compressedBufferSize = compressed.size();
@@ -426,25 +434,26 @@ std::vector<byte> lz_decode(std::vector<byte> &compressed)
}
#endif
-CompressionResult test_compression_method(const ByteArray &data, CompressionMethod method, int compressionLevel, Stopwatch &stopwatch)
+CompressionResult test_compression_method(const ByteArray &data, CompressionMethod method, int compressionLevel)
{
ByteArray compressedData;
+ CompressionResult result = {};
+
switch (method)
{
case CompressionMethod_GZIP:
- compressedData = gzip_encode(data, compressionLevel, stopwatch);
+ compressedData = gzip_encode(data, compressionLevel, result);
break;
case CompressionMethod_LZMA:
- compressedData = lzma_encode(data, compressionLevel, stopwatch);
+ compressedData = lzma_encode(data, compressionLevel, result);
break;
case CompressionMethod_BZIP2:
- compressedData = bzip2_encode(data, compressionLevel, stopwatch);
+ compressedData = bzip2_encode(data, compressionLevel, result);
break;
default:
INVALID_CASE;
}
- CompressionResult result = {};
result.originalSize = data.size();
result.compressedSize = compressedData.size();
result.compressionRatio = compression_ratio((float)result.originalSize, (float)result.compressedSize);
diff --git a/czi-format/czi-parser/cont_test.csv b/czi-format/czi-parser/cont_test.csv
new file mode 100644
index 0000000..1ab2fec
--- /dev/null
+++ b/czi-format/czi-parser/cont_test.csv
@@ -0,0 +1 @@
+filename;subblock;pixel;width;height;compression;level;originalSize;compressedSize;compressedZ;compressionRatio;compressionRatioZ;compressionTime;compressionTimeZ
diff --git a/czi-format/czi-parser/custom_types.h b/czi-format/czi-parser/custom_types.h
index c299696..28d8ae7 100644
--- a/czi-format/czi-parser/custom_types.h
+++ b/czi-format/czi-parser/custom_types.h
@@ -33,4 +33,8 @@ typedef std::vector<byte> ByteArray;
// Terminal colors
#define RESET "\033[0m"
#define RED "\033[31m" /* Red */
-#define GREEN "\033[32m" /* Green */
\ No newline at end of file
+#define GREEN "\033[32m" /* Green */
+
+constexpr char GZIP_NAME[] = "GZIP";
+constexpr char LZMA2_NAME[] = "LZMA2";
+constexpr char BZIP2_NAME[] = "BZIP2";
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_file.cpp b/czi-format/czi-parser/czi_file.cpp
index 32bf026..e9b6ca5 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_file.cpp
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_file.cpp
@@ -216,7 +216,7 @@ void CziFile::report_verbose() const
printf("======================================\n");
}
-std::string byte_array_str(const std::vector<byte> &bytes)
+std::string byte_array_str(const ByteArray &bytes)
{
std::string result = "";
@@ -306,17 +306,6 @@ void CziFile::report() const
ImageMatrix CziFile::get_image(const uint subblockId) const
{
- // // subblockId is in bounds.
- // always_assert((uint)subblockId < subBlockDirectory.entries.size());
- // // Image is not empty.
- // always_assert(entry.width > 0 && entry.height > 0);
- // // Read image bytes.
- // std::vector<byte> imageBytes;
- // {
- // BinaryFileStream cziStream(fileName);
- // imageBytes = cziStream.move_and_consume_bytes(entry.subBlock.dataLocation, entry.subBlock.dataSize);
- // }
-
auto imageBytes = get_image_data(subblockId, false);
auto entry = subBlockDirectory.entries[subblockId];
@@ -324,7 +313,7 @@ ImageMatrix CziFile::get_image(const uint subblockId) const
return image;
}
-std::vector<byte> CziFile::get_image_data(const uint subblockId, const bool ZCurveOrdered) const
+ByteArray CziFile::get_image_data(const uint subblockId, const bool ZCurveOrdered) const
{
// subblockId is in bounds.
always_assert((uint)subblockId < subBlockDirectory.entries.size());
@@ -333,7 +322,7 @@ std::vector<byte> CziFile::get_image_data(const uint subblockId, const bool ZCur
always_assert(entry.width > 0 && entry.height > 0);
// Read image bytes.
- std::vector<byte> imageBytes;
+ ByteArray imageBytes;
{
BinaryFileStream cziStream(fileName);
imageBytes = cziStream.move_and_consume_bytes(entry.subBlock.dataLocation, entry.subBlock.dataSize);
@@ -352,11 +341,7 @@ std::vector<byte> CziFile::get_image_data(const uint subblockId, const bool ZCur
auto zIndices = generate_ordered_z_order_indices(entry.width, entry.height, componentCount);
always_assert(zIndices.size() == (ulong)(componentCount * entry.width * entry.height));
- std::vector<byte> zOrderedBytes = reoder_bytes_to_z_order(imageBytes, zIndices, componentSize);
-
- auto back = reoder_bytes_from_z_order(zOrderedBytes, zIndices, componentSize);
- bool eq = vecUtil::vector_eq(imageBytes, back);
- always_assert(eq);
+ ByteArray zOrderedBytes = reorder_bytes_to_z_order(imageBytes, zIndices, componentSize);
return zOrderedBytes;
}
@@ -366,6 +351,43 @@ std::vector<byte> CziFile::get_image_data(const uint subblockId, const bool ZCur
}
}
+ByteArray CziFile::get_continuous_image_data(const bool ZCurveOrdered) const
+{
+ // Find required size.
+ size_t totalSize = 0;
+ for (auto &&entry : subBlockDirectory.entries)
+ totalSize += entry.subBlock.dataSize;
+
+ // Allocate size.
+ ByteArray data;
+ data.resize(totalSize);
+ size_t bufferEnd = 0;
+
+ if (ZCurveOrdered)
+ {
+
+ for (size_t subblockId = 0; subblockId < subBlockDirectory.entries.size(); subblockId++)
+ {
+ auto zOrderSubblockData = get_image_data(subblockId, true);
+ vecUtil::vector_insert_at(data, zOrderSubblockData, bufferEnd, 0, zOrderSubblockData.size());
+ bufferEnd += zOrderSubblockData.size();
+ }
+ }
+ else
+ {
+ BinaryFileStream stream(fileName);
+ for (size_t subblockId = 0; subblockId < subBlockDirectory.entries.size(); subblockId++)
+ {
+ auto entry = subBlockDirectory.entries[subblockId];
+
+ stream.move_to(entry.subBlock.dataLocation);
+ stream.consume_into(data, bufferEnd, entry.subBlock.dataSize);
+ bufferEnd += entry.subBlock.dataSize;
+ }
+ }
+ return data;
+}
+
void CziFile::differences_between_next(const std::string baseName) const
{
if (subBlockDirectory.entries.size() <= 1)
@@ -450,8 +472,8 @@ void CziFile::test_compression(CompressionMethod method, bool verbose, int compr
auto data = get_image_data(i, false);
auto dataZ = get_image_data(i, true);
- CompressionResult nResult = test_compression_method(data, method, compressionLevel, stopwatch);
- CompressionResult zResult = test_compression_method(dataZ, method, compressionLevel, stopwatch);
+ CompressionResult nResult = test_compression_method(data, method, compressionLevel);
+ CompressionResult zResult = test_compression_method(dataZ, method, compressionLevel);
// #pragma omp critical
// {
done += 1;
@@ -467,11 +489,14 @@ void CziFile::test_compression(CompressionMethod method, bool verbose, int compr
overallN.percentageOfOriginalSize += nResult.percentageOfOriginalSize;
overallZ.percentageOfOriginalSize += zResult.percentageOfOriginalSize;
+ overallN.compressionTimeMS += nResult.compressionTimeMS;
+ overallZ.compressionTimeMS += zResult.compressionTimeMS;
+
if (verbose)
{
- printf("Subblock %-3i Compression ratios: Normal: %8f Z-Ordered: %8f; Size(N): %5.3f%%; Size(Z): %5.3f%%; Time: %8.1f ms\n",
+ printf("Subblock %-3i Compression ratios: Normal: %8f Z-Ordered: %8f; Size(N): %5.3f%%; Size(Z): %5.3f%%; Time: %8f ms\n",
(int)i, nResult.compressionRatio, zResult.compressionRatio, nResult.percentageOfOriginalSize,
- zResult.percentageOfOriginalSize, stopwatch.last_lap_milliseconds());
+ zResult.percentageOfOriginalSize, nResult.compressionTimeMS);
}
// }
}
@@ -483,5 +508,5 @@ void CziFile::test_compression(CompressionMethod method, bool verbose, int compr
printf("Overall compression ratios: Normal %8f Z-Ordered: %8f\n", overallN.compressionRatio, overallZ.compressionRatio);
printf("Original size: %8lu B Compressed size: %8lu B Compressed Z-Order size: %8lu B\n", overallN.originalSize, overallN.compressedSize, overallZ.compressedSize);
printf("Original size (%%): 100%% Compressed: %5.5f%% Compressed Z-Order: %5.5f%%\n", overallN.percentageOfOriginalSize, overallZ.percentageOfOriginalSize);
- printf("Average compression time: %.1f ms\n", stopwatch.average_lap_time_in_milliseconds());
+ printf("Average compression time: %f ms\n", overallN.compressionTimeMS);
}
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_file.h b/czi-format/czi-parser/czi_file.h
index a02ca0d..e49cea9 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_file.h
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_file.h
@@ -13,7 +13,6 @@ class CziFile
{
private:
void print_segment_header(const SegmentHeader &segmentHeader) const;
- const char *pixel_type_str(const PixelType px) const;
const char *pyramid_type_str(const PyramidType pt) const;
const char *compression_type_str(const CompressionType ct) const;
const char *dimension_type_str(const Dimension &d) const;
@@ -31,7 +30,8 @@ public:
SubBlockDirectorySegment subBlockDirectory;
// Parsed attachment directory.
AttachmentDirectorySegment attachmentDirectory;
-
+ // Helper function returning pixel type name.
+ const char *pixel_type_str(const PixelType px) const;
// Check if this is master file in multi-file scenario.
bool is_master_file() const;
// Write to console basic informations about loaded CZI file.
@@ -41,7 +41,9 @@ public:
// Get image by subblock id.
ImageMatrix get_image(const uint subblockId) const;
// Get image data by subblock id.
- std::vector<byte> get_image_data(const uint subblockId, const bool ZCurveOrdered) const;
+ ByteArray get_image_data(const uint subblockId, const bool ZCurveOrdered) const;
+ // Get data of all images in one continuous array.
+ ByteArray get_continuous_image_data(const bool ZCurveOrdered) const;
// Dump all images to binary files.
void dump_data(const std::string &baseName) const;
// Dump all images to graphics files.
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_parser.cpp b/czi-format/czi-parser/czi_parser.cpp
index d7ce062..020dd38 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_parser.cpp
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_parser.cpp
@@ -56,8 +56,12 @@ SegmentHeader CziParser::parse_segment_header(BinaryFileStream &cziStream)
// 8 B for used size.
result.usedSize = cziStream.consume_long();
+ result.isDeleted = result.sId == DELETED_SEGMENT;
+
#if VERBOSE_PARSER
printf("Parsed segment header: %s.\n", result.sId.c_str());
+ if (result.isDeleted)
+ printf("This segment is marked as `deleted`\n");
#endif // VERBOSE_PARSER
return result;
@@ -199,6 +203,7 @@ AttachmentDirectorySegment CziParser::parse_attachment_directory(BinaryFileStrea
AttachmentDirectorySegment result = {};
result.header = parse_segment_header(cziStream);
+
always_assert(result.header.sId == AttachmentDirectorySegmentSID);
result.entryCount = cziStream.consume_int();
@@ -321,7 +326,13 @@ AttachmentSegment CziParser::parse_attachment_segment(BinaryFileStream &cziStrea
AttachmentSegment result = {};
result.directoryEntryIndex = entryIndex;
result.header = parse_segment_header(cziStream);
- always_assert(result.header.sId == AttachmentSegmentSID);
+
+ always_assert(result.header.isDeleted || result.header.sId == AttachmentSegmentSID);
+
+ if (result.header.isDeleted)
+ {
+ return result;
+ }
result.dataSize = cziStream.consume_int();
// 12 B reserved next 128 B are for AttachmentEntry which is saved under 'entryIndex' in
@@ -403,7 +414,7 @@ CompressionType CziParser::to_compression_type(const int value)
return result;
}
-Dimension CziParser::to_dimension_type(const std::vector<byte> &bytes)
+Dimension CziParser::to_dimension_type(const ByteArray &bytes)
{
always_assert(bytes.size() == 4);
Dimension result = static_cast<Dimension>((char)bytes[0]);
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_parser.h b/czi-format/czi-parser/czi_parser.h
index 144ad24..ebe9044 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_parser.h
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_parser.h
@@ -21,7 +21,7 @@ private:
PixelType to_pixel_type(const int value);
PyramidType to_pyramid_type(const byte value);
CompressionType to_compression_type(const int value);
- Dimension to_dimension_type(const std::vector<byte> &bytes);
+ Dimension to_dimension_type(const ByteArray &bytes);
public:
CziParser(bool parseMetadata = true);
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_parts/attachment_entry_a1.h b/czi-format/czi-parser/czi_parts/attachment_entry_a1.h
index d506a54..fb144fe 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_parts/attachment_entry_a1.h
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_parts/attachment_entry_a1.h
@@ -8,19 +8,19 @@ const int AttachmentEntryA1Size = 128;
struct AttachmentEntryA1
{
// Constant 'A1'
- std::vector<byte> schemaType;
+ ByteArray schemaType;
// Position of attachment segment in file.
long filePosition;
// File part.
int filePart;
//Unique Id to be used in strong, fully qualified references.
- std::vector<byte> contentGUID;
+ ByteArray contentGUID;
// Unique file type Identifier.
- std::vector<byte> contentFileTypeBytes;
+ ByteArray contentFileTypeBytes;
// String representation of contentFileTypeBytes.
std::string contentFileTypeString;
// Null terminated (80-1) character UTF8 encoded string defining a name for this item. May be used in references instead of GUID.
- std::vector<byte> nameBytes;
+ ByteArray nameBytes;
// String representation fo nameBytes.
std::string name;
// Attachment segment.
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_parts/dimension_entry_dv1.h b/czi-format/czi-parser/czi_parts/dimension_entry_dv1.h
index 9a4d666..fe34063 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_parts/dimension_entry_dv1.h
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_parts/dimension_entry_dv1.h
@@ -8,7 +8,7 @@ const int DimensionEntryDV1Size = 20;
struct DimensionEntryDV1
{
// Typically 1 ANSI Byte e.g. 'X'.
- std::vector<byte> dimensionBytes;
+ ByteArray dimensionBytes;
// Dimension specified by dimension bytes.
Dimension dimension;
// Start position / index. May be < 0.
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_parts/directory_entry_dv.h b/czi-format/czi-parser/czi_parts/directory_entry_dv.h
index ad1c25a..bdb78ca 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_parts/directory_entry_dv.h
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_parts/directory_entry_dv.h
@@ -8,7 +8,7 @@
struct DirectoryEntryDV
{
// Probably constant 'DV' ?
- std::vector<byte> schemaType;
+ ByteArray schemaType;
// The type of the image pixels.
PixelType pixelType;
// Position of this subblock in file.
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_parts/file_header_segment.h b/czi-format/czi-parser/czi_parts/file_header_segment.h
index 80657d3..c2b5ce5 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_parts/file_header_segment.h
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_parts/file_header_segment.h
@@ -14,10 +14,10 @@ struct FileHeaderSegment
Version fileVersion;
// GUID of the master file.
- std::vector<byte> masterFileGuid;
+ ByteArray masterFileGuid;
// GUID of this file.
- std::vector<byte> fileGuid;
+ ByteArray fileGuid;
// Part number in multi-file scenario. 0 if single file.
int filePart;
diff --git a/czi-format/czi-parser/czi_parts/segment_header.h b/czi-format/czi-parser/czi_parts/segment_header.h
index a7de08c..9ff9747 100644
--- a/czi-format/czi-parser/czi_parts/segment_header.h
+++ b/czi-format/czi-parser/czi_parts/segment_header.h
@@ -3,6 +3,7 @@
#include "../custom_types.h"
const int SegmentHeaderSize = 32;
+constexpr char DELETED_SEGMENT[] = "DELETED";
struct SegmentHeader
{
@@ -12,4 +13,6 @@ struct SegmentHeader
long allocatedSize;
// Size used by this segment. If 0 then usedSize is equal to allocatedSize.
long usedSize;
+ // True if this segment is delete and should be ignored by reader.
+ bool isDeleted = false;
};
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.cpp b/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.cpp
index 33c8acd..267824a 100644
--- a/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.cpp
+++ b/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.cpp
@@ -25,7 +25,7 @@ bool ImageMatrix::equals(const ImageMatrix &other) const
}
// Returns function to parse bytes into corresponding Pixel structure based on `PixelType`
-std::function<std::shared_ptr<BasePixel>(const std::vector<byte> &, ulong &)> ImageMatrix::get_pixel_parse_function(const PixelType pixelType)
+std::function<std::shared_ptr<BasePixel>(const ByteArray &, ulong &)> ImageMatrix::get_pixel_parse_function(const PixelType pixelType)
{
switch (pixelType)
{
@@ -58,7 +58,7 @@ std::function<std::shared_ptr<BasePixel>(const std::vector<byte> &, ulong &)> Im
return nullptr;
}
-void ImageMatrix::parse_bytes_to_image(const std::vector<byte> &bytes, const PixelType &pt)
+void ImageMatrix::parse_bytes_to_image(const ByteArray &bytes, const PixelType &pt)
{
auto pixel_parse_function = get_pixel_parse_function(pt);
size_t count = rowCount * colCount;
@@ -87,7 +87,7 @@ ImageMatrix::ImageMatrix(const uint width, const uint height, const PixelType pi
data.resize(rowCount * colCount);
}
-ImageMatrix::ImageMatrix(const uint width, const uint height, const PixelType pixelType, const std::vector<byte> &imageBytes)
+ImageMatrix::ImageMatrix(const uint width, const uint height, const PixelType pixelType, const ByteArray &imageBytes)
{
always_assert(width > 0 && height > 0 && pixelType != PixelType_None && imageBytes.size() > 0);
diff --git a/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.h b/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.h
index fbc5c8b..b6308bd 100644
--- a/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.h
+++ b/czi-format/czi-parser/image/image_matrix.h
@@ -19,9 +19,9 @@ private:
// Check equality of two ImageMatrices.
bool equals(const ImageMatrix &other) const;
// Returns function to parse bytes into corresponding Pixel structure based on `PixelType`
- std::function<std::shared_ptr<BasePixel>(const std::vector<byte> &, ulong &)> get_pixel_parse_function(const PixelType pixelType);
+ std::function<std::shared_ptr<BasePixel>(const ByteArray &, ulong &)> get_pixel_parse_function(const PixelType pixelType);
// Parse bytes to this matrix.
- void parse_bytes_to_image(const std::vector<byte> &bytes, const PixelType &pt);
+ void parse_bytes_to_image(const ByteArray &bytes, const PixelType &pt);
public:
// Default constructor for empty image.
@@ -29,7 +29,7 @@ public:
// Constuctor creating an empty image with allocated space.
ImageMatrix(const uint width, const uint height, const PixelType pixelType);
// Constuctor creating image matrix from image data.
- ImageMatrix(const uint width, const uint height, const PixelType pixelType, const std::vector<byte> &imageBytes);
+ ImageMatrix(const uint width, const uint height, const PixelType pixelType, const ByteArray &imageBytes);
~ImageMatrix();
// Get number of rows.
uint rows() const;
diff --git a/czi-format/czi-parser/image/pixel_parse_functions.h b/czi-format/czi-parser/image/pixel_parse_functions.h
index 69308da..c19b92a 100644
--- a/czi-format/czi-parser/image/pixel_parse_functions.h
+++ b/czi-format/czi-parser/image/pixel_parse_functions.h
@@ -3,14 +3,14 @@
#include "../custom_types.h"
#include "../czi_parts/pixel_type.h"
-std::shared_ptr<Gray8Pixel> bytes_to_Gray8Pixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Gray8Pixel> bytes_to_Gray8Pixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
std::shared_ptr<Gray8Pixel> pixel(new Gray8Pixel(bytes[index]));
index += 1;
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Gray16Pixel> bytes_to_Gray16Pixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Gray16Pixel> bytes_to_Gray16Pixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
short value = bytes_to_short(bytes, index);
@@ -19,14 +19,14 @@ std::shared_ptr<Gray16Pixel> bytes_to_Gray16Pixel(const std::vector<byte> &bytes
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Bgr24Pixel> bytes_to_Bgr24Pixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Bgr24Pixel> bytes_to_Bgr24Pixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
std::shared_ptr<Bgr24Pixel> pixel(new Bgr24Pixel(bytes[index], bytes[index + 1], bytes[index + 2]));
index += 3;
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Gray32FloatPixel> bytes_to_Gray32FloatPixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Gray32FloatPixel> bytes_to_Gray32FloatPixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
float value = bytes_to_float(bytes, index);
std::shared_ptr<Gray32FloatPixel> pixel(new Gray32FloatPixel(value));
@@ -34,7 +34,7 @@ std::shared_ptr<Gray32FloatPixel> bytes_to_Gray32FloatPixel(const std::vector<by
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Bgr48Pixel> bytes_to_Bgr48Pixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Bgr48Pixel> bytes_to_Bgr48Pixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
short b = bytes_to_short(bytes, index);
short g = bytes_to_short(bytes, index + 2);
@@ -44,7 +44,7 @@ std::shared_ptr<Bgr48Pixel> bytes_to_Bgr48Pixel(const std::vector<byte> &bytes,
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Bgr96FloatPixel> bytes_to_Bgr96FloatPixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Bgr96FloatPixel> bytes_to_Bgr96FloatPixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
float b = bytes_to_float(bytes, index);
float g = bytes_to_float(bytes, index + 4);
@@ -54,14 +54,14 @@ std::shared_ptr<Bgr96FloatPixel> bytes_to_Bgr96FloatPixel(const std::vector<byte
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Bgra32Pixel> bytes_to_Bgra32Pixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Bgra32Pixel> bytes_to_Bgra32Pixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
std::shared_ptr<Bgra32Pixel> pixel(new Bgra32Pixel(bytes[index], bytes[index + 1], bytes[index + 2], bytes[index + 3]));
index += 4;
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Gray64ComplexFloatPixel> bytes_to_Gray64ComplexFloatPixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Gray64ComplexFloatPixel> bytes_to_Gray64ComplexFloatPixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
float imag = bytes_to_float(bytes, index);
float real = bytes_to_float(bytes, index + 4);
@@ -70,7 +70,7 @@ std::shared_ptr<Gray64ComplexFloatPixel> bytes_to_Gray64ComplexFloatPixel(const
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Bgr192ComplexFloatPixel> bytes_to_Bgr192ComplexFloatPixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Bgr192ComplexFloatPixel> bytes_to_Bgr192ComplexFloatPixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
float bI = bytes_to_float(bytes, index);
float bR = bytes_to_float(bytes, index + 4);
@@ -84,7 +84,7 @@ std::shared_ptr<Bgr192ComplexFloatPixel> bytes_to_Bgr192ComplexFloatPixel(const
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Gray32Pixel> bytes_to_Gray32Pixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Gray32Pixel> bytes_to_Gray32Pixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
long value = bytes_to_long(bytes, index);
std::shared_ptr<Gray32Pixel> pixel(new Gray32Pixel(value));
@@ -92,7 +92,7 @@ std::shared_ptr<Gray32Pixel> bytes_to_Gray32Pixel(const std::vector<byte> &bytes
return pixel;
}
-std::shared_ptr<Gray64Pixel> bytes_to_Gray64Pixel(const std::vector<byte> &bytes, ulong &index)
+std::shared_ptr<Gray64Pixel> bytes_to_Gray64Pixel(const ByteArray &bytes, ulong &index)
{
double value = bytes_to_double(bytes, index);
std::shared_ptr<Gray64Pixel> pixel(new Gray64Pixel(value));
diff --git a/czi-format/czi-parser/image/z_order.h b/czi-format/czi-parser/image/z_order.h
index 29546d1..bb5fb25 100644
--- a/czi-format/czi-parser/image/z_order.h
+++ b/czi-format/czi-parser/image/z_order.h
@@ -89,10 +89,10 @@ std::vector<PointWithIndex> generate_ordered_z_order_indices(const uint colCount
return result;
}
-std::vector<byte> reoder_bytes_to_z_order(const std::vector<byte> &bytes, const std::vector<PointWithIndex> &zIndices,
- const uint componentSize)
+ByteArray reorder_bytes_to_z_order(const ByteArray &bytes, const std::vector<PointWithIndex> &zIndices,
+ const uint componentSize)
{
- std::vector<byte> zOrderedBytes;
+ ByteArray zOrderedBytes;
zOrderedBytes.resize(bytes.size());
size_t it = 0;
size_t from, pos;
@@ -109,10 +109,10 @@ std::vector<byte> reoder_bytes_to_z_order(const std::vector<byte> &bytes, const
return zOrderedBytes;
}
-std::vector<byte> reoder_bytes_from_z_order(const std::vector<byte> &zOrderedBytes, const std::vector<PointWithIndex> &zIndices,
- const uint componentSize)
+ByteArray reorder_bytes_from_z_order(const ByteArray &zOrderedBytes, const std::vector<PointWithIndex> &zIndices,
+ const uint componentSize)
{
- std::vector<byte> bytes;
+ ByteArray bytes;
bytes.resize(zOrderedBytes.size());
size_t it = 0;
diff --git a/czi-format/czi-parser/main.cpp b/czi-format/czi-parser/main.cpp
index e992c7a..571c45a 100644
--- a/czi-format/czi-parser/main.cpp
+++ b/czi-format/czi-parser/main.cpp
@@ -18,7 +18,7 @@ int main(int argc, char **argv)
args::HelpFlag helpMethod(mainMethodGroup, "help", "Print help", {'h', "help"});
args::Flag reportMethod(mainMethodGroup, "report", "Basic information about CZI file. [verbose]", {"report"});
args::Flag compressionTestMethod(mainMethodGroup, "compression-test", "Compress subblocks and output compression ratios <compression method>", {"compression-test"});
- args::Flag benchmarkMethod(mainMethodGroup, "Compression benchmark", "Start compression benchmark for all files in folder. Folder is selected using <input> flag. Save result in report file.", {"benchmark"});
+ args::Flag benchmarkMethod(mainMethodGroup, "Compression benchmark", "Start compression benchmark for selected CZI file. <report-file> [continuos] [verbose].", {"benchmark"});
args::Flag exportDataMethod(mainMethodGroup, "Export binary dat", "Export raw image data <folder>", {"dump-data"});
args::Flag exportImagesMethod(mainMethodGroup, "Export images", "Export images to ppm files <folder>", {"dump-images"});
@@ -27,9 +27,11 @@ int main(int argc, char **argv)
args::Flag verboseOption(optionsGroup, "verbose", "Extend output of method", {'v', "verbose"});
args::ValueFlag<int> compressionLevelOption(optionsGroup, "Compression level", "Compression level", {'l', "level"});
args::ValueFlag<std::string> folderOption(optionsGroup, "Folder", "Folder to which save exported items.", {'f', "folder"});
+ args::ValueFlag<std::string> reportFileOption(optionsGroup, "Report file", "File where to write report.", {'r', "report"});
args::Flag gzipCompressionOption(compressionGroup, "GZIP", "GZIP (zlib) compression", {"gzip"});
args::Flag lzmaCompressionOption(compressionGroup, "LZMA", "LZMA (2?) compression", {"lzma"});
args::Flag bzip2CompressionOption(compressionGroup, "BZIP2", "BZip2 compression", {"bzip2"});
+ args::Flag continuousCompressionOption(compressionGroup, "Continuos compression", "Compress continuos array of image data into one buffer.", {'c'});
try
{
@@ -52,15 +54,32 @@ int main(int argc, char **argv)
return 1;
}
+ CziParser parser(dontParseMetadataOption.Get());
+ auto parsedFile = parser.parse_czi_file(cziFile.Get());
+
if (benchmarkMethod)
{
- benchmark_compression(cziFile.Get(), "benchmarkResult.csv", verboseOption.Matched());
+ if (!reportFileOption.Matched())
+ {
+ printf(RED "Report file wasn't specified!\n" RESET);
+ return 1;
+ }
+ int level = -1;
+ if (compressionLevelOption.Matched())
+ level = compressionLevelOption.Get();
+
+ if (continuousCompressionOption.Matched())
+ {
+ benchmark_continuos_compression(parsedFile, reportFileOption.Get(), verboseOption.Matched(), level);
+ }
+ else
+ {
+ benchmark_compression(parsedFile, reportFileOption.Get(), verboseOption.Matched(), level);
+ }
+
return 0;
}
- CziParser parser(dontParseMetadataOption.Get());
- auto parsedFile = parser.parse_czi_file(cziFile.Get());
-
// Test compression method.
if (compressionTestMethod)
{
diff --git a/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.cpp b/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.cpp
index 0068405..fa9cb8c 100644
--- a/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.cpp
+++ b/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.cpp
@@ -84,29 +84,29 @@ void BinaryFileStream::move_by(const long distance)
this->fileStream.seekg(requiredPosition);
}
-std::vector<byte> BinaryFileStream::consume_whole_file()
+ByteArray BinaryFileStream::consume_whole_file()
{
always_assert(this->isOpen);
- std::vector<byte> result;
+ ByteArray result;
this->fileStream.seekg(std::ios::beg);
result.insert(result.begin(), std::istream_iterator<byte>(this->fileStream), std::istream_iterator<byte>());
return result;
}
-std::vector<byte> BinaryFileStream::consume_rest_of_file()
+ByteArray BinaryFileStream::consume_rest_of_file()
{
always_assert(this->isOpen);
- std::vector<byte> result;
+ ByteArray result;
result.insert(result.begin(), std::istream_iterator<byte>(this->fileStream), std::istream_iterator<byte>());
return result;
}
-std::vector<byte> BinaryFileStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
+ByteArray BinaryFileStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
{
always_assert(this->isOpen);
//TODO: Can this be made faster?
- std::vector<byte> result;
+ ByteArray result;
if (byteCount == 0)
return result;
@@ -119,6 +119,28 @@ std::vector<byte> BinaryFileStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
{
result[i] = *readIterator++;
}
+ // This is done, so we don't move stream one position too far.
result[byteCount - 1] = *readIterator;
return result;
+}
+
+void BinaryFileStream::consume_into(ByteArray &dst, size_t pos, size_t byteCount)
+{
+ always_assert(this->isOpen);
+ always_assert(dst.size() - pos >= byteCount);
+
+ if (byteCount == 0)
+ return;
+
+ auto readIterator = std::istream_iterator<byte>(fileStream);
+
+ size_t from = pos;
+ size_t to = from + byteCount;
+
+ for (size_t i = from; i < to - 1; i++)
+ {
+ dst[i] = *readIterator++;
+ }
+ // This is done, so we don't move stream one position too far.
+ dst[to - 1] = *readIterator;
}
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.h b/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.h
index 34fb033..678e027 100644
--- a/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.h
+++ b/czi-format/czi-parser/stream/binary_file_stream.h
@@ -34,11 +34,13 @@ public:
// Move file stream by distance.
void move_by(const long distance) override;
// Read whole file, from beginning to end, to memory.
- std::vector<byte> consume_whole_file();
+ ByteArray consume_whole_file();
// Read rest of the file, from current position to end, into memory.
- std::vector<byte> consume_rest_of_file();
+ ByteArray consume_rest_of_file();
// Read specified number of bytes.
- std::vector<byte> consume_bytes(const ulong byteCount) override;
+ ByteArray consume_bytes(const ulong byteCount) override;
+ // Read specified number of bytes into dst buffer, insert read bytes from pos.
+ void consume_into(ByteArray &dst, size_t pos, size_t byteCount);
};
#include "binary_file_stream.cpp"
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.cpp b/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.cpp
index 968c010..176cde0 100644
--- a/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.cpp
+++ b/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.cpp
@@ -53,7 +53,7 @@ double BinaryStreamBase::consume_double()
return bytes_to_double(consume_bytes(8));
}
-std::vector<byte> BinaryStreamBase::move_and_consume_bytes(const long position, const long byteCount)
+ByteArray BinaryStreamBase::move_and_consume_bytes(const long position, const long byteCount)
{
always_assert(this->isOpen);
move_to(position);
diff --git a/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.h b/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.h
index 1dbe743..fe0e85a 100644
--- a/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.h
+++ b/czi-format/czi-parser/stream/binary_stream_base.h
@@ -42,9 +42,9 @@ public:
// Read eight bytes and convert them into double.
virtual double consume_double();
// Read specified number of bytes.
- virtual std::vector<byte> consume_bytes(const ulong byteCount) = 0;
+ virtual ByteArray consume_bytes(const ulong byteCount) = 0;
// Move stream to requested position and read specified number of bytes.
- virtual std::vector<byte> move_and_consume_bytes(const long position, const long byteCount);
+ virtual ByteArray move_and_consume_bytes(const long position, const long byteCount);
};
#include "binary_stream_base.cpp"
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/stream/binary_writer.h b/czi-format/czi-parser/stream/binary_writer.h
index 3b82384..bd3f253 100644
--- a/czi-format/czi-parser/stream/binary_writer.h
+++ b/czi-format/czi-parser/stream/binary_writer.h
@@ -2,7 +2,7 @@
#include "../custom_types.h"
#include <fstream>
-void write_bytes_to_file(const std::vector<byte> &bytes, const char *fileName)
+void write_bytes_to_file(const ByteArray &bytes, const char *fileName)
{
std::ofstream binaryStream(fileName, std::ios::binary | std::ios::out);
always_assert(binaryStream.is_open());
diff --git a/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.cpp b/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.cpp
index 1774852..c91593a 100644
--- a/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.cpp
+++ b/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.cpp
@@ -6,7 +6,7 @@ BufferedBinaryStream::BufferedBinaryStream()
this->underlayingSourceType = BufferSourceType_NoSource;
}
-BufferedBinaryStream::BufferedBinaryStream(std::vector<byte> *bytes)
+BufferedBinaryStream::BufferedBinaryStream(ByteArray *bytes)
{
this->isOpen = true;
this->underlayingSourceType = BufferSourceType_Memory;
@@ -232,7 +232,7 @@ void BufferedBinaryStream::move_by(const long distance)
}
}
-std::vector<byte> BufferedBinaryStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
+ByteArray BufferedBinaryStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
{
if (this->streamBufferSize < byteCount)
{
@@ -253,7 +253,7 @@ std::vector<byte> BufferedBinaryStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
auto toIt = fromIt + byteCount;
this->currentBufferPosition += byteCount;
- std::vector<byte> result(fromIt, toIt);
+ ByteArray result(fromIt, toIt);
return result;
}
break;
@@ -271,7 +271,7 @@ std::vector<byte> BufferedBinaryStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
auto toIt = fromIt + byteCount;
this->currentBufferPosition += byteCount;
- std::vector<byte> result(fromIt, toIt);
+ ByteArray result(fromIt, toIt);
return result;
}
break;
@@ -280,5 +280,5 @@ std::vector<byte> BufferedBinaryStream::consume_bytes(const ulong byteCount)
break;
}
- return std::vector<byte>();
+ return ByteArray();
}
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.h b/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.h
index 8bb941f..96125bc 100644
--- a/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.h
+++ b/czi-format/czi-parser/stream/buffered_binary_stream.h
@@ -10,11 +10,11 @@ private:
// Stream from which we can pull data into buffer.
BinaryStreamBase *underlayingStream;
// Buffer for underlaying streams.
- std::vector<byte> streamBuffer;
+ ByteArray streamBuffer;
// Type of underlaying structure, from which we pull data into main buffer.
BufferSourceType underlayingSourceType;
// Memory buffer.
- std::vector<byte> *memoryBuffer;
+ ByteArray *memoryBuffer;
// Current position in buffer.
ulong currentBufferPosition = 0;
// Number of bytes readed from source.
@@ -23,7 +23,7 @@ private:
public:
BufferedBinaryStream();
- BufferedBinaryStream(std::vector<byte> *bytes);
+ BufferedBinaryStream(ByteArray *bytes);
BufferedBinaryStream(BinaryStreamBase *stream, const long bufferSize = 500000);
~BufferedBinaryStream();
@@ -40,7 +40,7 @@ public:
// Move stream by distance.
void move_by(const long distance) override;
// Read specified number of bytes.
- std::vector<byte> consume_bytes(const ulong byteCount) override;
+ ByteArray consume_bytes(const ulong byteCount) override;
};
#include "buffered_binary_stream.cpp"
\ No newline at end of file
diff --git a/czi-format/czi-parser/utilities/vector_utilities.h b/czi-format/czi-parser/utilities/vector_utilities.h
index 5a6a2b2..fc70c89 100644
--- a/czi-format/czi-parser/utilities/vector_utilities.h
+++ b/czi-format/czi-parser/utilities/vector_utilities.h
@@ -22,12 +22,12 @@ bool vector_eq(const std::vector<T> &a, const std::vector<T> &b)
// Insert `vecToCopyFrom` data into `vecToInsert` at `insertAtPos`, copy from `copyFromPos` `copySize` number of elements.
template <typename T>
-inline void vector_insert_at(std::vector<T> &vecToInsert, const std::vector<T> &vecToCopyFrom,
+inline void vector_insert_at(std::vector<T> &vecToInsertInto, const std::vector<T> &vecToCopyFrom,
const size_t insertAtPos, const size_t copyFromPos, const size_t copySize)
{
for (size_t i = 0; i < copySize; i++)
{
- vecToInsert[insertAtPos + i] = vecToCopyFrom[copyFromPos + i];
+ vecToInsertInto[insertAtPos + i] = vecToCopyFrom[copyFromPos + i];
}
}
diff --git a/czi-format/czi-parser/utilities/xml_parser.h b/czi-format/czi-parser/utilities/xml_parser.h
index 9ca3a48..34cb335 100644
--- a/czi-format/czi-parser/utilities/xml_parser.h
+++ b/czi-format/czi-parser/utilities/xml_parser.h
@@ -17,7 +17,7 @@ bool compare_with_pugi_string(const pugi::char_t *pugiString, const char *cStrin
return true;
}
-void parse_subblock_metadata(const std::vector<byte> &buffer)
+void parse_subblock_metadata(const ByteArray &buffer)
{
return;
pugi::xml_document xml;
--
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