Some update to document.

czi-format/benchmark_results/artemia_at_z_sect/artemia_at_1ch_z_sect_continuous.csv

@@ -25,4 +25,4 @@ AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;LZMA2;8;112594560;32030796;314
 AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;BZIP2;8;112594560;31027021;31080831;3.62892;3.62264;17565.00000;17347.00000
 AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;GZIP;9;112594560;41693860;39222947;2.70051;2.87063;260602.00000;334742.00000
 AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;LZMA2;9;112594560;31991164;31405776;3.51955;3.58515;239581.00000;186695.00000
-AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;BZIP2;9;112594560;31016055;31077959;3.63020;3.62297;12849.00000;12832.00000
+AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;BZIP2;9;112594560;31016055;31077959;3.63020;3.62297;12849.00000;12832.00000
\ No newline at end of file

czi-format/benchmark_results/artemia_at_z_sect/cont2.csv

-filename;subblock;pixel;width;height;compression;level;originalSize;compressedSize;compressedZ;compressionRatio;compressionRatioZ;compressionTime;compressionTimeZ
-AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;GZIP;9;112594560;41693860;39222947;2.70051;2.87063;117712.00000;161881.00000
-AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;LZMA2;9;112594560;31991164;31405776;3.51955;3.58515;205168.00000;199336.00000
-AxioZoom_Artemia_AT-1Ch-Z_sect.czi;999;Gray16;0;0;BZIP2;9;112594560;31016055;31077959;3.63020;3.62297;9036.00000;8966.00000

document/citations.bib

@@ -23,4 +23,42 @@
   title = {Open Microscopy Environment},
   howpublished = {\url{https://www.openmicroscopy.org/}},
   note = {Dne: 23.01.2019}
+}
+
+@manual{gzip,
+    organization  = "Aladdin Enterprises",
+    title         = "GZIP file format specification version 4.3",
+    year          =  1996,
+    month         =  {May},
+		number				= "rfc1952"
+}
+
+@manual{deflate_spec,
+    organization  = "Aladdin Enterprises",
+    title         = "DEFLATE Compressed Data Format Specification version 1.3",
+    year          =  1996,
+    month         =  {May},
+    number        = "rfc1951"
+}
+
+@ARTICLE{LZ77, 
+	author={J. {Ziv} and A. {Lempel}}, 
+	journal={IEEE Transactions on Information Theory}, 
+	title={A universal algorithm for sequential data compression}, 
+	year={1977}, 
+	volume={23}, 
+	number={3}, 
+	pages={337-343}, 
+	keywords={Sequential coding;Source coding}, 
+	doi={10.1109/TIT.1977.1055714}, 
+	ISSN={0018-9448}, 
+	month={May},
+}
+
+@manual{block_sorting,
+    organization  = "Systems Research Center",
+    title         = "A Block-sorting Lossless Data Compression Algorithm",
+    year          =  1994,
+    month         =  {May},
+		number				= "SRC-RR-124"
 }
\ No newline at end of file

document/document.tex

@@ -22,12 +22,16 @@
 \newcommand{\bThreed}{B$^3$D }
 
 \author{Moravec Vojtěch}
-\title{Semestrální projekt}
+\title{Metody komprese bioinformatických dat pro přenos na HPC infrastrukturu}
 \date{2018/2019}
 
 \begin{document}
-%\maketitle
-%\newpage
+\maketitle
+\newpage
+
+\section{Úvod}
+\textit{TODO}
+\newpage
 
 \section{ZISRAW (CZI) formát}
 
@@ -105,7 +109,30 @@ LZW, JPEG a JPEG-XR. Všechny tyto komprese jsou specifikací omezeny na 2D obra
 širokopásmovou mikroskopii. JPEG je ztrátová komprese a JPEG-XR je modernější variantou JPEG, která nabízí lepší kompresní poměry a také bezztrátovou kompresi.
 
 \newpage
-\section{Kompresní knihovna \bThreed}
+\section{Kompresní metody}
+V této sekci si popíšeme kompresní metody, které jsme vyzkoušeli na bioinformatických datech. 
+Nejprve uvedeme 3 metody, které se používají pro bezztrátovou kompresi dat všech druhů. Tyto 3 metody se stali \emph{de facto} standardem 
+pro bezztrátovou kompresi. Následně popíšeme kompresi \bThreed, která se přímo zaměřuje na kompresi obrazů, získaných z
+mikroskopů.
+
+\subsection{Standartní metody}
+
+Standartní metody, které zde uvedeme, jsou hojně využívány v nejrozšířeněšjších programech zabývající se bezztrátovou kompresí. Tyto metody jsou navrženy tak,
+aby byly nezávislé na typy procesoru, operačním systému nebo souborovém systému. Tato nezávislost dovoluje přenesitelnost mezi různými stroji. 
+
+Soubory jsou komprimací převáděny do jiných formátů, zaobalující komprimovaná data. Příkladem může být jeden z jednodušších formátů a to \emph{gzip} \cite{gzip},
+používá se například i pro HTTP kompresi. Tento formát využívá zřejmě nejrozšířeněšjší 
+metodu komprese DEFLATE \cite{deflate_spec}. DEFLATE kombinuje algoritmus LZ77 \cite{LZ77} and Huffmanovo kódování. 
+DEFLATE je nejpouživanějším typem komprese v \emph{zip} souborech.
+
+LZMA algoritmus kombinuje více druhů algoritmů, LZ77 \cite{LZ77}, aritmetické kódování a využívá Markuv model predikce. Tento algoritmus se využívá v programu
+\emph{7-Zip}.
+
+Třetí algoritmem je bzip2, stejně jako LZMA využívá více metod, Run-Length kódování, Huffmanovo kódování a Block-Sorting kompresi \cite{block_sorting}.
+
+Z těchto tří uvedených, slibuje LZMA největší kompresní poměr.
+
+\subsection{Komprese obrazů z mikroskopu, knihovna \bThreed}
 Tato sekce vychází z \cite{Balazs164624}, taktéž grafy jsou přebrány z této práce.
 \bThreed  je Open Source knihovna, řešící problém komprese obrazů z mikroskopu. Je napsána v jazyce C++ a využívá CUDA architekturu. 
 Slibovaná rychlost komprese je více než 1 GB/s. Tato knihovna nabízí jak ztrátovou tak i bezztrátovou kompresi, kde ztrátová zohledňuje fakt,