Updated document.

.gitignore

@@ -4,4 +4,14 @@ SimpleImageViewer/
 *.exe
 *.czi
 B3D/
-czi_example_data/
\ No newline at end of file
+czi_example_data/
+
+# latex files
+*.aux
+*.fls
+*.log
+*.synctex.gz
+*.out
+*.bbl
+*.blg
+*.fdb_latexmk
\ No newline at end of file

README.md

@@ -12,3 +12,7 @@
     - Dala by se použít nějaká komprese vzhledem k `referenčním` obrázkům? (vztah mezi obrazy, jak jsou posunuty atd.)
 - Možná se podívat co je to ten HDF5, ale spíš se zaměřit na CZI formát.
 
+
+<!-- Popsat formát CZI, HDF5
+Co je teda ve formátu CZI, jakým způsobem podporuje kompresi, jak tam jsou ty obrazové data uložena.
+zkoumat jaká je souvislost mezi obrázky v různém čase. jestli by té slouvislosti šlo využít ke kompresi obrazu -->

document/citations.bib

+@manual{czi_spec,
+    organization  = "Carl Zeiss Microscopy GmbH",
+    title         = ZISRAW (CZI) File Format",
+    year          =  2016,
+    number        = "MC33879",
+    note          = "Version 1.2.2"
+}
\ No newline at end of file

document/document.tex

+\documentclass[a4paper,12pt]{article}
+
+\usepackage[czech]{babel}
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage{listings}
+\usepackage{hyperref}
+\usepackage{enumitem}
+\usepackage{mathrsfs}
+\usepackage{enumitem}
+\usepackage{amsmath}
+\usepackage{amssymb}
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{dirtytalk}
+%\usepackage{titlesec}
+%\newcommand{\sectionbreak}{\clearpage}
+%\setlist{nosep}
+\newcommand{\image}[3]{\begin{figure}[h!] \centering \includegraphics[width=#3\linewidth]{#1} \caption{#2} \end{figure}}
+
+\author{Moravec Vojtěch}
+\title{Semestrální projekt}
+\date{2018/2019}
+
+\begin{document}
+% \maketitle
+% \newpage
+
+\section{ZISRAW (CZI) formát}
+
+Vše co bude v této sekci uvedeno vychýzí z oficiální specifikace formátu CZI. \ref{czi_spec}.
+
+Formát CZI je určen pro uložení obrazků, samotné schéma uložení dat ale vychází z formátu ZISRAW, který je určen pro různé typy souborů. 
+Hlavním cílem formátu ZISRAW je umožnit streamování dat a metadat v binární podobě (metadata jsou buď binární nebo v XML). \textit{CZI formát je aktuálně jedinou implementací ZISRAW.}
+
+\subsection{CZI segmenty}
+
+CZI soubor se skládá z řetězce segmentů, každý segment je identifikován hlavičkou s identifikátorem (SID). Hlavička segmentu se skládá ze 3 polí:
+\begin{itemize}
+    \item \textbf{ID} - 16 B, unikátní ANSI kód s prefixem \say{ZISRAW}
+    \item \textbf{AllocatedSize} - 8 B, velikost rezervována pro data segmentu (velikost je vždy násobkem 32 B)
+    \item \textbf{UsedSize} - 8 B, počet bytů, kolik už je využitu daty segmentu (jestliže 0, pak celý segment je využit)
+\end{itemize}
+
+Za hlavičkou se nachází data daného segmentu. Tyto data se skládájí ze dvou částí, kde první část určuje velikost druhé části a to jaké data se v ni nacházejí. Hlavními typy dat jsou:
+\begin{itemize}
+    \item \textbf{Pixely} (\textit{ImageSubBlock}) - pixely obrázků a s nim přímo spjata metadata. RAW nekompresované obrázky mohou být vícedimenzionální 
+    \item \textbf{Metadata} - každý segment obsahuje jedny metadata. Ty obsahují XML řetězec, odpovídající danému schématu, a binární sekcí s dalšími daty ve formátu ZIP
+    \item \textbf{Přílohy} (\textit{Attachment}) - různé typy příloh
+\end{itemize}
+
+\subsection{ZISRAW kontejner}
+Pořadí bytů je little-endian. Data jsou uložena v segmentech s definovanými schématy, každý segment obsahuje binární data nebo XML řetězec. 
+Je povoleno uložení do jednoho nebo více souborů, ale vždy existuje jeden hlavní, \emph{master} soubor. Každý ZISRAW soubor obsahuje tyto typy segmentů:
+\begin{itemize}
+    \item \textbf{FileHeader}
+    \item \textbf{Metadata} - nevyžadováno
+    \item \textbf{SubBlockDirectory} - adresář všech SubBlock. Je vyžadován pokud existuje nějaký SubBlock
+    \item \textbf{SubBlock} - každý SubBlock ve svém segmentu, může obsahovat XML metadata a binární data
+    \item \textbf{AttachmentDirectory} - adresář všech Attachment, je vyžadován pokud existuje nějaký Attachment
+    \item \textbf{Attachment} - každý Attachment ve svém segmentu. Příloha je identifikována svým názvem
+\end{itemize}
+
+SubBlockDirectory a AttachmentDirectory obsahují informace potřebné pro přečtení pouze potřebného segmentu, dovolují přeskočit načítání segmentů, 
+které nejsou potřeba.
+
+% \subsection{Schémata segmentů}
+% V této sekci uvedeme základní informace o schématech segmentů. Jak již bylo zmíněno, každý segment začíná hlavičkou se 3 poli, Id, AllocatedSize a UsedSize. 
+% Pole Id nabýva hodnoty z této enumerace SID:
+% \begin{itemize}
+%     \item \textbf{ZISRAWFILE} - hlavička souboru, nachází se na začátku souboru
+%     \item \textbf{ZISRAWDIRECTORY} - adresář segmentů
+%     \item \textbf{ZISRAWSUBBLOCK} - obsahuje data obrázků
+%     \item \textbf{ZISRAWMETADATA} - obsahuje metadata
+%     \item \textbf{ZISRAWATTACH} - přílohy
+%     \item \textbf{ZISRAWATTDIR} - adresář příloh
+%     \item \textbf{DELETED} - smazaný segment, měl by být ignorován
+% \end{itemize}
+
+\subsection{Obrazové data}
+Data obrázků se nacházejí v \textbf{SubBlock} segmentech, tento segment obsahuje všechny informace o tom jak jsou data uložena a jak je interpretovat. 
+
+V CZI formátu jsou brány v potaz různé dimenze obrázku v \\multi-dimenzionálním hyperprostoru. Jsou jimi napříklád:
+pozice ve směru X, pozice ve směru Y, čas zachycení, úhel zachycení, osvětlení při zachycení atd. Pixely mohou být uloženy v těchto typech:
+
+\begin{figure}[h!]
+    \centering
+    \begin{tabular}{| l | c | l |}
+        \hline
+        Typ                 & Byte/Pixel    & Poznámka \\\hline
+        Gray8               &     1         &  8 bit unsigned            \\\hline
+        Gray16              &     2         &  16 bit unsigned   \\\hline
+        Gray32Float         &     4         &  32 bit IEEE float   \\\hline
+        Bgr24               &     3         &  3 $\times$ 8 bit unsigned   \\\hline
+        Bgr48               &     6         &  3 $\times$ 16 bit unsigned   \\\hline
+        Bgr96Float          &     12        &  3 $\times$ IEEE float   \\\hline
+        Bgra32              &     4         &  4 $\times$ 8 bit unsigned   \\\hline
+        Gray64ComplexFloat  &     8         &  2 $\times$ IEEE float (komplexní a reálná část)   \\\hline
+        Bgr192ComplexFloat  &     24        &  8 $\times$ IEEE float (komplexní a reálná část)   \\\hline
+        Gray32              &     4         &  32 bit signed \textit{planovaný} \\\hline
+        Gray64              &     8         &  64 bit float \textit{planovaný} \\\hline
+    \end{tabular}
+\end{figure}
+
+Data pixelů v CZI souboru mohou být jak nekomprimovaná tak komprimovaná. 
+Nekomprimovaná data jsou streamem pixelů podle jejich typu. Specifikace povoluje komprimaci dat pixelů pomocí LZW, 
+JPEG a Jpeg-Xr.
+LZW je bezztrátová komprese, aktuálně se nepoužívá ve \say{widefield} mikroskopii. JPEG komprese je ztrátová a 
+může být použita pouze pro 2D obrazy. 
+Jpeg-XR podporuje jak ztrátovou tak i bezztrátovou kompresi. Vychází z JPEG a nabízí menší velikost pro stejnou kvalitu obrazu, ale stejně jako JPEG, je omezen na 2D obrazy.
+
+\bibliography{citations}
+
+\end{document}
\ No newline at end of file