Updated document.

czi-format/czi-parser/compression/documentation.txt

+
+gzip (zlib) compress2
+	http://refspecs.linuxbase.org/LSB_3.0.0/LSB-Core-generic/LSB-Core-generic/zlib-compress2-1.html
+lzma
+	
+bzip2

document/data/artemia_bzip2_level.dat

+x f(x)
+1 3.58176
+2 3.60657
+3 3.61728
+4 3.62128
+5 3.62762
+6 3.62970
+7 3.63206
+8 3.63472
+9 3.63400
\ No newline at end of file

document/data/artemia_comp_level.txt

+level gzip lzma bzip2
+1 2.53352 3.06497 3.58176
+2 2.54137 3.09320 3.60657
+3 2.66279 3.11559 3.61728
+4 2.66761 3.35998 3.62128
+5 2.61082 3.46081 3.62762
+6 2.67796 3.46118 3.62970
+7 2.69937 3.46118 3.63206
+8 2.69891 3.46118 3.63472
+9 2.71106 3.46118 3.63400
\ No newline at end of file

document/data/artemia_gzip_level.dat

+x f(x)
+1 2.53352
+2 2.54137
+3 2.66279
+4 2.66761
+5 2.61082
+6 2.67796
+7 2.69937
+8 2.69891
+9 2.71106
\ No newline at end of file

document/data/artemia_lzma_level.dat

+x f(x)
+1 3.06497
+2 3.09320
+3 3.11559
+4 3.35998
+5 3.46081
+6 3.46118
+7 3.46118
+8 3.46118
+9 3.46118
\ No newline at end of file

document/document.tex

@@ -11,6 +11,8 @@
 \usepackage{amsmath}
 \usepackage{amssymb}
 \usepackage{graphicx}
+\usepackage{tikz}
+\usepackage{pgfplots}
 \usepackage{dirtytalk}
 \usepackage{siunitx}
 
@@ -21,6 +23,16 @@
 \newcommand{\image}[4]{\begin{figure}[h!] \centering \includegraphics[width=#1\linewidth]{figures/#2} \caption{#4} \label{#3} \end{figure}}
 \newcommand{\bThreed}{B$^3$D }
 
+\pgfplotsset{
+	compat=1.5, 
+	width=7cm,
+	/pgfplots/ybar legend/.style={
+    /pgfplots/legend image code/.code={%
+       \draw[##1,/tikz/.cd,yshift=-0.25em]
+        (0cm,0cm) rectangle (3pt,0.8em);},
+   }
+}
+
 \author{Moravec Vojtěch}
 \title{Metody komprese bioinformatických dat pro přenos na HPC infrastrukturu}
 \date{2018/2019}
@@ -115,6 +127,8 @@ Nejprve uvedeme 3 metody, které se používají pro bezztrátovou kompresi dat
 pro bezztrátovou kompresi. Následně popíšeme kompresi \bThreed, která se přímo zaměřuje na kompresi obrazů, získaných z
 mikroskopů.
 
+\emph{TODO: Z ORDER}
+
 \subsection{Standartní metody}
 
 Standartní metody, které zde uvedeme, jsou hojně využívány v nejrozšířeněšjších programech zabývající se bezztrátovou kompresí. Tyto metody jsou navrženy tak,
@@ -130,7 +144,80 @@ LZMA algoritmus kombinuje více druhů algoritmů, LZ77 \cite{LZ77}, aritmetick
 
 Třetí algoritmem je bzip2, stejně jako LZMA využívá více metod, Run-Length kódování, Huffmanovo kódování a Block-Sorting kompresi \cite{block_sorting}.
 
-Z těchto tří uvedených, slibuje LZMA největší kompresní poměr.
+V následujících grafech porovnáme uvedené 3 metody. Všechny 3 algoritmy dovolují nastavit určitou úroveň komprese, obecně platí, že vetší úroveň znamená
+vyšší kompresní poměr, ale také větší paměťové a časové nároky. Né vždy je tedy nejlepším řešením použít maximální úroveň, obvykle 9. 
+Následující testy byly provedeny nad CZI souborem, který obsahoval 39 řezů žabronožky, řez je uložen v obrazu $1388 \times 1040$ pixelů, kde typ pixelu je Gray16,
+tedy 2 byty pro každý pixel, rozmezí hodnot $0 - 65535$.
+
+\begin{figure}[h!]
+    \centering
+    % \pgfplotsset{scaled x ticks=false}
+        \begin{tikzpicture}
+        \begin{axis}[
+            width=0.8\linewidth,
+            xlabel = {Úroveň komprese},
+            ylabel = {Kompresní poměr},
+            domain=1:9,
+            legend entries = {gzip, lzma, bzip2},
+            legend pos = outer north east,
+            ymin=2, ymax=4,
+            ]
+            \addplot[red, thick] table{data/artemia_gzip_level.dat};
+            \addplot[blue, thick] table{data/artemia_lzma_level.dat};
+            \addplot[green, thick] table{data/artemia_bzip2_level.dat};
+        \end{axis}
+        \end{tikzpicture}
+    \caption{Průměrný kompresní poměr pro jednotlivé úrovně}
+    \label{fig:comp_level_comp}
+\end{figure}
+
+Na Obrázku \ref{fig:comp_level_comp} vidíme, že pro metody gzip a bzip2 nehraje kompresní úroveň velkou roli a naopak lzma algoritmus vydává lepší
+výsledky od úrovně 5. Také vidíme, že pro kompresi daných snímků žabronožky je nejlepší metoda gzip. Uvedené kompresní poměry jsou průměrem přes
+všechn 39 řezů. Na následujícím Obrázku \ref{fig:more_files_comp} si porovnáme algoritmy na více souborech, uvedené kompresní poměry jsou průměrem přes 
+všechny snímky v souboru a kompresní úroveň 6.
+
+\begin{figure}[h!]
+    \centering
+    \begin{tikzpicture}
+        \begin{axis}[
+        width=0.8\linewidth,
+		height=0.55\linewidth,
+        xbar,
+        enlargelimits=0.25,
+        ytick = data,
+        xlabel={Kompresní poměr},
+        legend pos = outer north east,
+        symbolic y coords={{Artemia},{Artemia Flash}, {LLC Emerald}, {16 Bit Z Stack}},
+        nodes near coords,
+        ]
+        % gzip
+        \addplot coordinates {
+        (2.67797,{Artemia})
+        (1.84856,{Artemia Flash})
+        (1.40943,{LLC Emerald})
+        (1.47818,{16 Bit Z Stack})
+        };
+        % lzma
+        \addplot coordinates {
+            (3.46118,{Artemia})
+            (2.3531,{Artemia Flash})
+            (1.64554,{LLC Emerald})
+            (1.80586,{16 Bit Z Stack})
+        };
+        % bzip2
+        \addplot coordinates {
+            (3.62971,{Artemia})
+            (2.47042,{Artemia Flash})
+            (1.72,{LLC Emerald})
+            (1.90709,{16 Bit Z Stack})
+        };
+        \legend{gzip,lzma,bzip2}
+        \end{axis}
+    \end{tikzpicture}
+    \caption{Srovnání kompresí mezi více soubory, úroveň komprese 6}
+    \label{fig:more_files_comp}
+\end{figure}
+
 
 \subsection{Komprese obrazů z mikroskopu, knihovna \bThreed}
 Tato sekce vychází z \cite{Balazs164624}, taktéž grafy jsou přebrány z této práce.