Updated readme.

.gitignore

 SimpleImageViewer/
 [Dd]ebug
-[Rr]ebug
+[Rr]elease
 *.exe
-*.czi
\ No newline at end of file
+*.czi
+B3D/
+czi_example_data/
\ No newline at end of file

README.md

-# irods_info
+# Data comression project
 
-Information about iRODS.
+## CZI format
+- Popsat formát CZI
+  - Co a jak je v tom formátu uloženo (jakýmy datovými typy atd.)
+  - Jak tam jsou vůbuc uložena obrazová data
+    - Je komprese součásti standardu, nebo dokumentace jen popisuje komprese, které mohou být použity? Jaké LZW? Jaký JPG? Co je to JPEG XR?
+    - Jak jsou uloženy nekompresované data? Celá číslá, realná číslá, enum?
+    - Jak jsou uložena kompresovaná data?
+    - Jak vytáhnout obrazová data z CZI souboru?
+    - Jaký je vztah mezi obrázky v CZI souboru?
+    - Dala by se použít nějaká komprese vzhledem k `referenčním` obrázkům? (vztah mezi obrazy, jak jsou posunuty atd.)
+- Možná se podívat co je to ten HDF5, ale spíš se zaměřit na CZI formát.
 
-- [ ] Read [technical overview](docs/technical-overview-2016-web.pdf)
-- [ ] Read [beginner training](docs/irods_beginner_training_2018.pdf) ?
-- [ ] Read online documentation.
\ No newline at end of file

docs/light_sheet_microscopy/B3D_compression.md

@@ -15,6 +15,8 @@
     - signed or unsigned 8 bit or 16 bit integers
     - HDF5 files
     - *Probably all image types, but image must be loaded by CUDA.*
+- *New angle on lightsheet ...* paper citations:
+    - 3.32x average increase in compression ratio compared to lossless mode
 
 ### NOTE: Try compressing `czi` file with B3D.